Родился 14 января 1961 г. в Киеве Украинской ССР (ныне - Украина) в семье служащих.
В 1983 г. окончил инженерно-экономический факультет Уфимского нефтяного института (ныне - Уфимский государственный нефтяной технический университет), в 1987 г. - аспирантуру Башкирского государственного университета.
Кандидат экономических наук. В 1988 г. в Казанском государственном университете им. В.И. Ульянова-Ленина защитил диссертацию на тему: "Структурные сдвиги в производстве предметов потребления в условиях интенсификации общественного производства: социально-экономический аспект". Доцент.
Член КПСС в 1984-1991 гг.
В 1983-1990 гг. - ассистент, старший преподаватель кафедры политэкономии, председатель профсоюзного комитета Башкирского госуниверситета.
С 1990 по 1995 гг. - председатель постоянной комиссии Верховного совета Республики Башкортостан двенадцатого созыва по вопросам социального и экономического развития республики, городов и районов.
Входил в совет директоров АО "Новоуфимский нефтеперерабатывающий завод".
В 1995 г. был назначен полномочным представителем президента Республики Башкортостан Муртазы Рахимова в Законодательной палате Государственного собрания республики.
В 1998-1999 гг. входил в политсовет движения "Наш дом - Россия" (НДР).
В апреле 1999 г. стал одним из членов инициативной группы по созданию блока "Вся Россия". В мае 1999 г. был избран в исполком политсовета блока, в августе того же года стал членом исполкома движения "Вся Россия".
В 1995-2007 гг. - депутат Государственной думы Федерального собрания РФ II, III и IV созывов.
17 декабря 1995 г. был избран депутатом II созыва Госдумы РФ по списку НДР. Вошел в одноименную фракцию, в 1997 г. перешел в депутатскую группу "Российские регионы". Был членом думского комитета по делам Федерации и региональной политике, Мандатной комиссии Госдумы.
19 декабря 1999 г. вновь избран в Госдуму РФ III созыва по федеральному списку избирательного блока "Отечество - Вся Россия". Входил в состав депутатской группы "Регионы России (Союз независимых депутатов)", был членом комитетов по делам Федерации и региональной политике, по природным ресурсам и природопользованию, членом комиссии по содействию в урегулировании политической и экономической ситуации в Приднестровье.
С 2001 г. - член политической партии "Единая Россия". Был членом Высшего совета партии, входил в Центральную контрольно-ревизионную комиссию.
7 декабря 2003 г. стал депутатом IV созыва Госдумы, избран в составе списка "Единой России". Был заместителем руководителя партийной фракции, членом думского комитета по природным ресурсам и природопользованию. Автор депутатского запроса в Генпрокуратуру РФ о неуплате налогов крупнейшими нефтяными компаниями (лето 2003 г.). По итогам проверки были возбуждены уголовные дела против руководителей и владельцев компании "ЮКОС", в том числе против Михаила Ходорковского.
После сложения депутатских полномочий в 2007 г. занял должность заместителя генерального директора ООО "Лукойл - Уралнефтепродукт".
2 марта 2008 г. был избран депутатом Государственного собрания - Курултая Республики Башкортостан IV созыва по списку партии "Единая Россия" в составе Инорсовской региональной группы №2. Заместитель председателя постоянного комитета по государственному строительству. Переизбран депутатом Госсобрания V созыва 8 сентября 2013 г. Был заместителем председателя комитета по бюджетной, налоговой, инвестиционной политике и территориальному развитию. Депутатские полномочия прекратил досрочно в 2016 г.
В 2012–2013 гг. - советник ректора Уфимского государственного университета экономики и сервиса.
В 2015 г. избран сопредседателем регионального координационного совета сторонников "Единой России".
В 2016-2021 гг. - депутат Госдумы РФ VII созыва. 18 сентября 2016 г. баллотировался в Госдуму по списку "Единой России" (восьмой номер в региональной группе №11, Республика Башкортостан). По итогам выборов депутатский мандат получил первый номер региональной группы Рустэм Хамитов, однако он отказался от места в нижней палате парламента. 28 сентября 2016 г. Михаилу Бугере был передан освободившийся мандат Хамитова, 30 сентября он был зарегистрирован депутатом. Вошел во фракцию "Единая Россия".
Награжден медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2006).
Заслуженный экономист Республики Башкортостан.