Родился 4 сентября 1931 г. в гор. Ленинграде (ныне Санкт-Петербург). Вместе с родителями пережил первую блокадную зиму Ленинграда (1941-1942 гг.), затем семья была эвакуированы на Урал. Обратно в Ленинград Евгений Ухналев возвратился после окончания блокады.
Окончил художественную школу при Институте живописи, скульптуры и архитектуры им. И.Е. Репина (г. Ленинград).
В 1948 г. по ложному доносу был арестован по ст. 58 УК РСФСР (контрреволюционная деятельность) по обвинению в подкопе под мавзолей Владимира Ленина и покушении на Иосифа Сталина. Евгений Ухналев был приговорен к смертной казни, затем наказание изменили на 25 лет лагерей. Отбывал срок в тюрьмах и лагерях "Кресты", Воркутлаг.
В 1954 г. вышел на свободу и вернулся в Ленинград. Работал чертежником, архитектором в проектных институтах.
В 1959 г. был реабилитирован.
В 1967-1975 гг. - главный архитектор Государственного Эрмитажа.
После ухода из Эрмитажа работал дома. Иллюстрировал книжные издания, занимался живописью и графикой.
В 1992-1998 гг. - специалист-эксперт аппарата Государственной герольдии при Президенте Российской Федерации.
С 1998 г.- ведущий художник Государственного Эрмитажа.
С 1999 г. входил в состав Геральдического совета при Президенте РФ.
Автор дизайна государственного герба РФ. Созданный им проект герба России в 1993 г. был утвержден президентом РФ Борисом Ельциным.
Автор штандарта и знака (цепи) Президента РФ, рисунков знаков орденов Святого апостола Андрея Первозванного, "За заслуги перед Отечеством" и ордена Мужества. Создал дизайн должностного знака губернатора Санкт-Петербурга, медалей "В память 300-летия Санкт-Петербурга" и "В честь 60-летия полного освобождения Ленинграда от фашистской блокады", знака и диплома лауреата Государственной премии РФ, эмблемы и членского знака Геральдического совета при Президенте РФ и др. Один из авторов памятника ("Соловецкий камень"), установленного на Троицкой площади в Санкт-Петербурге в память о жертвах политических репрессий.
Участник более 40 выставок в России и за рубежом, в т.ч. Германии, США, Австрии, Финляндии и Швеции. Работы Евгения Ухналева хранятся в Государственном Русском музее, музее Анны Ахматовой в Фонтанном доме, в частных собраниях России, США и Европы.
Скончался 2 сентября 2015 г. в Санкт-Петербурге после продолжительной болезни.
Народный художник Российской Федерации (1997).
Был награжден медалью "50 лет Победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг", а также юбилейными медалями в честь 60 и 65-летия победы, медалями "В память 300-летия Санкт-Петербурга" (2003) и "В честь 60-летия полного освобождения Ленинграда от фашистской блокады" (2004).
