19 декабря 1999 г. прошли очередные выборы главы администрации Новосибирской области. На этот пост баллотировались 10 человек, в том числе действующий губернатор Виталий Муха, избранный в 1995 г. В голосовании приняли участие 64% от числа зарегистрированных избирателей. Наибольшее число голосов набрали мэр Новосибирска Виктор Толоконский (26,27%) и заместитель министра экономики РФ Иван Стариков (20,91%). Против всех проголосовали 4,23%. Во втором туре выборов, 9 января, за Виктора Толоконского отдали свои голоса 44,32% избирателей, за Ивана Старикова – 42,17%. Против всех – 12,39%. Явка составила 50,5%.
В губернаторских выборах 7 декабря 2003 г. приняли участие 56,1% от числа избирателей, внесенных в списки для голосования. На пост высшего должностного лица претендовали 6 кандидатов. Победу одержал Виктор Толоконский, набрав 57,67% голосов. Его ближайший соперник предприниматель Михаил Титов получил 17,83%. Против всех проголосовали 5,37%.
11 декабря 2004 г. президент РФ Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому в России начал действовать новый порядок избрания губернаторов: главу региона по представлению президента утверждал местный законодательный орган.
12 июля 2007 г. Виктор Толоконский был утвержден Новосибирским областным Советом депутатов по представлению президента РФ Владимира Путина на посту губернатора. 9 сентября 2010 г. Толоконский был назначен полномочным представителем президента РФ в Сибирском федеральном округе.
В тот же день врио губернатора Новосибирской области был назначен первый заместитель губернатора области Василий Юрченко. 22 сентября Новосибирский областной Совет депутатов наделил его полномочиями губернатора по представлению президента РФ.
1 июня 2012 г. вступил в силу федеральный закон, возвращающий в РФ прямые выборы глав регионов.
18 марта 2014 г. президент РФ Владимир Путин подписал указ об отрешении от должности губернатора Новосибирской области Василия Юрченко "в связи с утратой доверия". В тот же день врио губернатора был назначен заместитель губернатора области Владимир Городецкий.
14 сентября 2014 г., в единый день голосования, в Новосибирской области пройдут выборы губернатора.