Бахтиер Бабаджанович Худойназаров родился 29 мая 1965 г. в Душанбе Таджикской ССР (ныне - Таджикистан).
В 1989 г. окончил режиссерский факультет Всесоюзного государственного института кинематографии (ныне - Всероссийский государственный институт кинематографии им. С.А. Герасимова), учился в мастерской Игоря Таланкина.
С 1983 г. работал помощником режиссера на киностудии "Таджикфильм", был корреспондентом радио и телевидения. Первыми его работами были короткометражные фильмы: "Шутники" (1986), "Собачья охота" (1987), "Веришь - не веришь" (1988).
В 1991 г. Худойназарова снял свой первый полнометражный фильм - "Братан". Картина была удостоена Гран-при на международном кинофестивале в Мангейме (Германия).
В 1993 г. режиссер снял фильм "Кош ба кош". Эта работа получила приз "Серебряный лев" Венецианского кинофестиваля, номинировалась на премию Европейской киноакадемии в категории "лучший фильм молодого режиссера".
Наиболее известный фильм Худойназарова - "Лунный папа" (1999). Картина получила главный приз фестиваля "Кинотавр" "Золотая роза", премию "Золотой овен" за лучший фильм. Также за этот фильм в 2000 г. Худойназаров был удостоен российской премии "Ника" как лучший режиссер.
Четвертая полнометражная работа режиссера, "Шик" (2003), получила Гран-при "Кинотавра". В 2006 г. Худойназаров снял телесериал "Танкер "Танго". Картина "В ожидании моря" (2012) была фильмом открытия Римского кинофестиваля. Последняя работа режиссера - телесериал "Гетеры майора Соколова" (2014).
Скончался 21 апреля 2015 г. в Берлине (Германия).