26 марта 2000 г. состоялись досрочные выборы губернатора Еврейской автономной области. Срок полномочий главы региона составлял пять лет. Претенденты на этот пост допускались к выборам одновременно с предлагаемыми ими кандидатами в вице-губернаторы. На пост главы региона претендовали три кандидата. Губернатором Еврейской автономной области был избран действующий руководитель региона Николай Волков, вице-губернатором - заместитель председателя правительства автономной области Геннадий Антонов. За них проголосовали 56,76%. Второе место заняли генеральный директор ООО "Корунд ЛТД" Борис Корсунский и кандидат в вице-губернаторы, частный предприниматель Николай Бурындин, получившие 25,71% голосов. Против всех проголосовали 11,15% избирателей. Явка на выборах составила 68,7%.
11 декабря 2004 г. президент РФ Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому в России начал действовать новый порядок избрания губернаторов: главу региона по представлению президента утверждал местный законодательный орган.
25 февраля 2005 г. Законодательное собрание Еврейской автономной области большинством голосов утвердило Николая Волкова в должности губернатора региона по представлению президента РФ Владимира Путина сроком на пять лет.
17 февраля 2010 г. депутаты регионального парламента по представлению главы государства Дмитрия Медведева наделили полномочиями руководителя автономной области мэра г. Биробиджана Александра Винникова.
1 июня 2012 г. вступил в силу федеральный закон, возвращающий в РФ прямые выборы глав регионов.
24 февраля 2015 г., в связи с истечением срока полномочий губернатора Еврейской автономной области Александра Винникова, президент РФ Владимир Путин назначил временно исполняющим обязанности главы региона Александра Левинталя, занимавшего должность первого заместителя председателя правительства Хабаровского края.
В единый день голосования 13 сентября 2015 г. в Еврейской автономной области пройдут выборы губернатора. Он избирается сроком на пять лет и не может замещать указанную должность более двух сроков подряд. Кандидаты выдвигаются политическими партиями или их региональными отделениями, самовыдвижение не предусмотрено. Для регистрации претенденту на пост руководителя региона необходимо преодолеть так называемый "муниципальный фильтр" - собрать в свою поддержку не менее 7% подписей муниципальных глав и депутатов.