3 декабря 2000 г. состоялись очередные выборы главы президента Республики Марий Эл. Срок полномочий главы региона составлял четыре года. На этот пост баллотировались семь кандидатов. Поскольку никто из них не набрал более половины голосов избирателей, на 17 декабря того же года было назначено повторное голосование. Против всех в первом туре высказались 4,22% избирателей, явка составила 58,97%. Во второй тур выборов вышли действующий глава региона Вячеслав Кислицын Вячеслав (25,19% в первом туре) и заместитель генерального директора ОАО "Росгосстрах" Леонид Маркелов (29,21% в первом туре). Президентом Республики Марий Эл был избран Леонид Маркелов, за него проголосовали 58,23% избирателей. Его соперник Вячеслав Кислицын получил 33,40% голосов. Против всех проголосовали 6,90%. Явка избирателей составила 57,37%.
19 декабря 2004 г. прошли очередные выборы президента Республики Марий Эл. Он избирался уже на пять лет. В избирательные бюллетени были внесены пять кандидатов. Президентом республики был избран действующий руководитель Марий Эл Леонид Маркелов, за него отдали голоса 56,96% избирателей. Второе место занял нотариус Михаил Долгов, получив 18,69%. Против всех проголосовали 9,94%, явка на выборах составила 63,55%.
В декабре 2004 г. президент РФ Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому в России начал действовать новый порядок избрания губернаторов: главу региона по представлению президента утверждал местный законодательный орган. 31 декабря 2009 г. Государственное собрание республики единогласно утвердило Леонида Маркелова в должности президента Республики Марий Эл по представлению президента РФ Дмитрия Медведева (сроком на пять лет). 15 января 2010 г. состоялась церемония инаугурации губернатора.
В июне 2011 г. в конституцию региона были внесены изменения, в соответствии с которыми наименование должности высшего должностного лица республики было изменено на "главу Республики Марий Эл".
1 июня 2012 г. вступил в силу федеральный закон, возвращающий в РФ прямые выборы глав регионов.
14 января 2015 г., в связи с истечением срока полномочий Леонида Маркелова на посту руководителя региона, президент РФ Владимир Путин подписал указ о его назначении временно исполняющим обязанности главы Республики Марий Эл.
В единый день голосования 13 сентября 2015 г. пройдут выборы главы Республики Марий Эл. Он избирается сроком на пять лет и не может замещать указанную должность более двух сроков подряд. Кандидаты выдвигаются политическими партиями или их региональными отделениями, самовыдвижение не предусмотрено. Для регистрации претенденту на пост руководителя региона необходимо преодолеть так называемый "муниципальный фильтр" - собрать в свою поддержку не менее 9% подписей муниципальных глав и депутатов.