22 октября 2000 г. в Сахалинской области состоялись очередные выборы губернатора региона. Срок полномочий высшего должностного лица региона составлял четыре года. На этот пост претендовали пять кандидатов. Губернатором был избран действующий руководитель региона Игорь Фархутдинов, за него отдали голоса 56,29% избирателей. Второе место занял мэр г. Южно-Сахалинска Федор Сидоренко, получив 21,36%. Против всех проголосовали 6,93% избирателей. Явка на выборах составила 39,77%.
20 августа 2003 г. губернатор Сахалинской области Игорь Фархутдинов погиб в авиакатастрофе. Исполняющим обязанности руководителя региона стал первый вице-губернатор Сахалина Иван Малахов.
7 декабря 2003 г. в Сахалинской области прошли досрочные выборы губернатора. На этот пост баллотировались 13 человек. В первом туре никто из кандидатов не набрал необходимого для победы числа голосов избирателей. Во второй тур выборов вышли первый вице-губернатор Сахалинской области Иван Малахов (35,17% в первом туре) и мэр г. Южно-Сахалинска Федор Сидоренко (19,55%). Против всех кандидатов высказались 8,39%. Всего в голосовании 7 декабря приняли участие 51,84% избирателей. Повторное голосование по выборам губернатора Сахалинской области прошло 21 декабря 2003 г. Главой региона был избран Иван Малахов, за него отдали голоса 53,01% избирателей. За Федора Сидоренко проголосовали 34,36%, против всех - 11,68. Явка избирателей составила 40,29%.
11 декабря 2004 г. президент РФ Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому в России начал действовать новый порядок избрания губернаторов: главу региона по представлению президента утверждал местный законодательный орган.
7 августа 2007 г. президент РФ Владимир Путин принял досрочную отставку по собственному желанию губернатора Сахалинской области Ивана Малахова и назначил временно исполняющим обязанности главы региона главу городского округа "Охинский" Александра Хорошавина. 9 августа 2007 г. он был утвержден в должности губернатора Сахалина по представлению главы государства. 7 июля 2011 г. депутаты Сахалинской областной думы вновь наделили его полномочиями руководителя региона по представлению президента РФ Дмитрия Медведева (сроком на пять лет). 11 августа того же года состоялась церемония инаугурации губернатора.
1 июня 2012 г. вступил в силу федеральный закон, возвращающий в РФ прямые выборы глав регионов.
25 марта 2015 г. глава государства Владимир Путин отрешил Александра Хорошавина от должности губернатора Сахалинской области "в связи с утратой доверия президента РФ". Ранее Хорошавину было предъявлено обвинение в получении взятки на сумму 5,6 млн долларов при заключении контрактов на строительство 4-го энергоблока Южно-Сахалинской ТЭЦ-1 в 2011 г. Указом президента РФ временно исполняющим обязанности губернатора Сахалинской области стал глава Амурской области Олег Кожемяко.
В единый день голосования 13 сентября 2015 г. в Сахалинской области пройдут досрочные выборы губернатора. Он избирается сроком на пять лет. Кандидаты выдвигаются политическими партиями или их региональными отделениями, самовыдвижение не предусмотрено. Для регистрации претенденту на пост руководителя региона необходимо преодолеть так называемый "муниципальный фильтр" - собрать в свою поддержку не менее 10% подписей муниципальных глав и депутатов.