Михаил Борисович Ходорковский родился 26 июня 1963 года в Москве.
В 1986 году окончил Московский химико-технологический институт им. Менделеева, в 1988 году - Институт народного хозяйства им. Плеханова.
В 1986 - 1987 гг. - заместитель секретаря Фрунзенского райкома ВЛКСМ г.Москвы.
В 1987 - 1989 гг. занимал должность директора Центра научно-технического творчества молодежи и Фонда молодежной инициативы.
С 1989 по 1990 год - председатель правления Коммерческого инновационного банка научно-технического прогресса.
В 1990 - 1991 гг. - генеральный директор Межбанковского объединения "МЕНАТЕП", председатель совета директоров банка "МЕНАТЕП".
С 1991 по 1993 год - председатель совета директоров Объединения кредитно-финансовых предприятий "МЕНАТЕП". В 1993 - 1995 гг. - председатель правления, председатель совета директоров банка "МЕНАТЕП".
В 1995 - 1996 гг. - председатель правления ЗАО "Роспром".
В 1997 - 2003 гг. - председатель правления НК "ЮКОС".
25 октября 2003 года арестован по так называемому делу "ЮКОСа". 3 ноября оставил свой пост в компании "ЮКОС". 31 мая 2005 года он был приговорен к 9 годам лишения свободы. Суд признал его виновным по шести статьям УК РФ, в том числе в уклонении от уплаты налогов с физических и юридических лиц путем хищения и в мошенничестве. 22 сентября 2005 года Мосгорсуд снизил приговор до 8 лет. Ходорковский был этапирован в колонию г. Краснокаменска Читинской области.
5 февраля 2007 года в отношении Ходорковского было возбуждено второе уголовное дело, в рамках которого предъявлены обвинения в хищении около 200 млн тонн нефти и отмывании денег. 30 декабря 2010 года он был признан виновным по статьям УК РФ "Хищение" и "Легализиция денежных средств, полученных преступным путем" и приговорен к 13,5 годам лишения свободы в колонии общего режима. При вынесении приговора суд прибавил к 13,5 годам еще полгода, которые ему оставалось провести в заключении, отбывая наказания по первому уголовному делу.
24 мая 2011 года Мосгорсуд смягчил Ходорковскому наказание по второму уголовному делу. Срок лишения свободы снижен на 1 год - до 13 лет.
В июне 2011 года Ходорковский был этапирован в исправительную колонию № 7 в г. Сегежа (Карелия).
20 декабря 2012 года Президиум Мосгорсуда смягчил наказание Ходорковскому до 11 лет лишения свободы, в связи с изменением в ряде статей УК РФ. 6 августа 2013 года Верховный суд РФ смягчил наказание Ходорковскому с 11 до 10 лет и 10 месяцев. Таким образом, срок заключения Михаила Ходорковского истекал в августе 2014 года.
20 декабря 2013 года президент РФ Владимир Путин подписал указ о помиловании М. Ходорковского, освободив его от дальнейшего отбывания наказания.
В общей сложности Ходорковский провел в заключении более 10 лет (3709 дней).
Михаил Ходорковский женат, у него четверо детей.