За время своей работы Государственная дума РФ лишь дважды свои решением лишала депутатов полномочий.
6 октября 1995 г. Госдума первого созыва своим решением лишила мандата независимого депутата Сергея Мавроди за "пренебрежение депутатскими обязанностями" и занятие коммерческой деятельностью. Ранее, 5 апреля того же года, Дума рассматривала запрос Генеральной прокуратуры РФ о лишении парламентария иммунитета в связи с возбуждением в отношении него уголовного дела по факту финансовых махинаций в компании "МММ" (финансовая пирамида). Тогда депутаты сперва высказались за лишение Мавроди неприкосновенности, но затем провели повторное голосование, на котором восстановили иммунитет своего коллеги. Лишь полгода спустя думская мандатная комиссия предложила досрочно прекратить полномочия Сергея Мавроди. 28 апреля 2007 г. он был приговорен Чертановским районным судом Москвы к 4 годам и 6 месяцам заключения по обвинению в мошенничестве в крупных размерах. 22 мая того же года вышел на свободу в связи с истечением срока наказания, большую часть которого он отбыл в СИЗО.
14 сентября 2012 г. Госдума приняла решение о досрочном прекращении полномочий депутата шестого созыва, заместителя руководителя фракции "Справедливая Россия" Геннадия Гудкова. Поводом послужило его занятие предпринимательской деятельностью и членство в органах управления коммерческих организаций (в частности, компаний "Инглиш Вилладж", "Рошан"), что является нарушением закона о статусе депутата. Соответствующие документы были представлены в Госдуму Следственным комитетом и Генпрокуратурой РФ в августе 2012 г. Геннадий Гудков пытался оспорить решение о лишении его мандата в Верховном суде (ВС) РФ. Однако 12 февраля 2013 г. суд, а затем - 11 апреля того же года - Апелляционная коллегия ВС подтвердили законность решения Госдумы.