Президент Республики Дагестан является высшим должностным лицом республики и возглавляет исполнительную власть. Избирается депутатами Народного Собрания по представлению президента Российской Федерации сроком на 5 лет.
В постсоветский период с 1992 по 1994 год высшим должностным лицом Дагестана был председатель Верховного Совета республики. Этот пост занимал даргинец Магомедали Магомедов, избранный на Первом съезде народных депутатов Дагестанской АССР 24 апреля 1990 года.
В начале 90-х годов для многонационального Дагестана была разработана система пропорционального представительства народов республики во всех ветвях власти, которая легла в основу республиканской Конституции, принятой в 1994 году. В соответствии с ней, Конституционное собрание, состоявшее из 121 депутата Народного Собрания / парламента/ и 121 депутата местных представительных органов, тайным голосованием простым большинством избирало Госсовет и его главу. Госсовет являлся коллективным правящим органом, в состав которого входили 14 представителей титульных национальностей: аварцев, даргинцев, лезгин, лакцев, табасаранцев, русских, ногайцев, кумыков, агулов, рутульцев, цахуров, азербайджанцев, чеченцев и татов. Государственный Совет избирался на 4 года. Председатель Госсовета являлся главой республики.
Кроме того, три основных поста в Дагестане - главы республики, председателя правительства и председателя парламента - распределяются между аварцами, даргинцами и кумыками, этот принцип соблюдается с 1952 года.
Первый председатель Госсовета был избран 27 июля 1994 года. Им стал Магомедали Магомедов. Конституцией Дагестана предусматривалось, что на переходный период /1994 - 1996 гг./ срок полномочий руководителя республики составлял 2 года. Кроме того, в ст. 93 Конституции было сказано, что представитель одной и той же национальности не может быть избран председателем Госсовета на два срока подряд. В 1996 году была принята конституционная поправка, продлевающая срок пребывания председателя Госсовета в своей должности еще на два года. Таким образом, Магомедали Магомедов оставался главой республики до 1998 года.
В марте 1998 года в Основной закон республики были внесены изменения, согласно которым одно и то же лицо не могло занимать пост председателя Госсовета более двух сроков подряд.
25 июня 1998 года прошли очередные выборы Госсовета. На пост главы республики претендовали два кандидата. Председателем был вновь избран Магомедали Магомедов, за него проголосовали 66 процентов членов Конституционного собрания.
17 мая 2001 года Госдума РФ приняла решение, согласно которому применительно к Дагестану, нельзя избирать одного и того же человека главой республики три срока подряд.
31 мая 2001 года дагестанский парламент принял специальное толкование ст. 93 Конституции республики, согласно которому принятая в марте 1998 года поправка к данной статье не имеет обратной силы, а значит срок полномочий Магомедали Магомедова на посту председателя Госсовета с июня 1998 года по июнь 2002 года считается первым, и он имеет право баллотироваться на следующий срок.
Очередные выборы в Госсовет Дагестана прошли 25 июня 2002 года. На высший должностной пост региона претендовали два кандидата. Председателем вновь был избран Магомедали Магомедов, получивший 95 процентов голосов членов Конституционного собрания. Глава Счетной палаты Дагестана Атай Алиев получил 1,6 процента голосов.
10 июля 2003 года в Дагестане введен президентский пост.
В декабре 2004 года вступил в силу новый порядок избрания глав регионов - по представлению президента РФ их утверждает местный законодательный орган.
16 феврале 2006 года глава Госсовета Магомедали Магомедов заявил о своей досрочной отставке.
20 февраля того же года парламент Дагестана утвердил кандидатуру аварца Муху Алиева, предложенную президентом РФ Владимиром Путиным, в должности президента республики сроком на 4 года.
8 февраля 2010 года президент России Дмитрий Медведев внес на рассмотрение парламента Дагестана кандидатуру даргинца Магомедсалама Магомедова для наделения его полномочиями президента республики. 10 февраля парламент утвердил его кандидатуру в этой должности сроком уже на 5 лет.
28 января 2013 года президент РФ подписал указ о досрочном прекращении полномочий Магомедова. Временно исполняющим обязанности главы Республики Дагестан назначен аварец Рамазан Абдулатипов.
2 апреля 2013 года Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому субъекты РФ смогут заменить прямые выборы процедурой избрания главы региона депутатами регионального законодательного собрания из числа кандидатур, внесенных главой государства по представлению политических партий. К выдвижению кандидатур допускаются партии, представленные в Госдуме или в парламенте соответствующего региона. Партии представляют президенту не более трех кандидатур, глава государства вносит на рассмотрение законодательного собрания, также трех кандидатов, среди которых могут быть выдвиженцы, как от одной, так и от разных партий.
Дагестан стал первым субъектом РФ, отказавшимся от прямых выборов главы региона. 30 мая 2013 года Народное Собрание приняло закон, прописывающий порядок избрания главы республики региональным парламентом, согласно которому глава республики избирается депутатами из числа трех кандидатов, представленных президентом РФ. Кандидатуры рассматриваются депутатами в течение 20 дней со дня внесения. Избрание главы республики проводится тайным голосованием с использованием бюллетеней. Избранным считается кандидат, за которого проголосовало большинство депутатов Народного Собрания. Со дня вступления в должность высшее должностное лицо республики будет именоваться главой Республики Дагестан.
19 августа 2013 года президент РФ внес в региональный парламент три кандидатуры для наделения полномочиями президента Дагестана. Это временно исполняющий обязанности главы республики аварец Рамазан Абдулатипов, руководитель дагестанской Счетной палаты лезгин Малик Баглиев и Уполномоченный по правам человека в республике даргинка Уммупазиль Омарова.
Выборы главы Республики Дагестан пройдут в единый день голосования - 8 сентября 2013 года.