Родился 15 июня 1953 г. в г. Ессентуки Ставропольского края. По происхождению - грек.
В 1979 г. заочно окончил экономический факультет Ставропольской государственной сельскохозяйственной академии (ныне Ставропольский государственный аграрный университет) по специальности "Экономист - организатор сельхозпроизводства", в 2004 г. – аспирантуру Московского института менеджмента, экономики и финансов государственного технического университета.
Доктор экономических наук.
С 1970 г. - рабочий, автослесарь базы Ставропольского краевого союза потребительских обществ. В 1984 г. перешел на предприятие "Автотехобслуживание", был начальником участка по ремонту легковых автомобилей.
В 1987-1995 гг. - заместитель директора сельскохозяйственного предприятия "Дубровка".
В начале 1990-х гг. занимался бизнесом. С 1995 г. был совладельцем, председателем правления компании "МиГ" (станица Ставропольский край).
В 2001-2012 гг. - депутат Государственной думы Ставропольского края III, IV, V созывов на непостоянной основе. Был избран в региональный парламент III созыва 16 декабря 2001 г. Выдвигался группой избирателей, по итогам выборов набрал 59,35% голосов. Возглавлял подкомитет по инвестициям. 11 марта 2007 г. вновь стал депутатом регионального парламента IV созыва, 4 декабря 2011 г. – V созыва (был выдвинут партией "Единая Россия" по Предгорному округу №19). Входил в комитеты по экономическому развитию, торговле, инвестициям и собственности, по природопользованию, экологии, курортно-туристической деятельности.
В декабре 2007 г. баллотировался в Государственную думу РФ V созыва по списку партии "Справедливая Россия", но по итогам голосования в парламент не прошел.
В 2009 г. был зарегистрирован кандидатом на досрочных выборах мэра города-курорта Кисловодска. Баллотировался в качестве самовыдвиженца. 22 апреля 2009 г. политсовет краевого отделения "Единой России" исключил его из партии "за нарушение партийной дисциплины". 23 апреля Михаил Афанасов снял свою кандидатуру с выборов.
Был председателем правления ООО "Инвестиционная группа МВА".
С августа 2012 по сентябрь 2019 г. - член Совета Федерации РФ, представитель от исполнительного органа государственной власти Ставропольского края. В августе 2012 г. был наделен полномочиями сенатора. С ноября 2012 г. по октябрь 2013 г. входил в комитет СФ по экономической политике, с октября 2013 г. по апрель 2014 г. - в комитет по конституционному законодательству, правовым и судебным вопросам, развитию гражданского общества. С апреля 2014 г. был членом комитета по конституционному законодательству и государственному строительству. В сентябре 2019 г. в Совфеде его сменил Сергей Меликов.
После ухода из Совета Федерации с 2019 по 2020 г. занимал должность заместителя председателя правительства Ставропольского края.
С ноября 2020 г. - член Совета Федерации РФ (сенатор) от Ставропольского края. 11 ноября 2020 г. губернатор края Владимир Владимиров подписал постановление о назначении Михаила Афанасова сенатором от региона - представителем от органа исполнительной власти края. В Совфеде он сменил Сергея Меликова, который ранее возглавил Республику Дагестан.
Один из учредителей Фонда культуры греков Северо-Кавказского федерального округа "Надежда".
Награжден орденом Почета (2017), медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2011). Имеет Почетную грамоту президента РФ (2023).