Родился 15 июня 1953 г. в г. Ессентуки Ставропольского края. По происхождению - грек.
В 1979 г. заочно окончил экономический факультет Ставропольской государственной сельскохозяйственной академии (ныне Ставропольский государственный аграрный университет) по специальности "Экономист - организатор сельхозпроизводства", в 2004 г. – аспирантуру Московского института менеджмента, экономики и финансов государственного технического университета.
Доктор экономических наук.
С 1970 г. - рабочий, автослесарь базы Ставропольского краевого союза потребительских обществ. В 1984 г. перешел на предприятие "Автотехобслуживание", был начальником участка по ремонту легковых автомобилей.
В 1987-1995 гг. - заместитель директора сельскохозяйственного предприятия "Дубровка".
В начале 1990-х гг. занимался бизнесом. С 1995 г. был совладельцем, председателем правления компании "МиГ" (станица Ставропольский край).
В 2001-2012 гг. - депутат Государственной думы Ставропольского края III, IV, V созывов на непостоянной основе. Был избран в региональный парламент III созыва 16 декабря 2001 г. Выдвигался группой избирателей, по итогам выборов набрал 59,35% голосов. Возглавлял подкомитет по инвестициям. 11 марта 2007 г. вновь стал депутатом регионального парламента IV созыва, 4 декабря 2011 г. – V созыва (был выдвинут партией "Единая Россия" по Предгорному округу №19). Входил в комитеты по экономическому развитию, торговле, инвестициям и собственности, по природопользованию, экологии, курортно-туристической деятельности.
В декабре 2007 г. баллотировался в Государственную думу РФ V созыва по списку партии "Справедливая Россия", но по итогам голосования в парламент не прошел.
В 2009 г. был зарегистрирован кандидатом на досрочных выборах мэра города-курорта Кисловодска. Баллотировался в качестве самовыдвиженца. 22 апреля 2009 г. политсовет краевого отделения "Единой России" исключил его из партии "за нарушение партийной дисциплины". 23 апреля Михаил Афанасов снял свою кандидатуру с выборов.
Был председателем правления ООО "Инвестиционная группа МВА".
С августа 2012 по сентябрь 2019 г. - член Совета Федерации РФ, представитель от исполнительного органа государственной власти Ставропольского края. В августе 2012 г. был наделен полномочиями сенатора. С ноября 2012 г. по октябрь 2013 г. входил в комитет СФ по экономической политике, с октября 2013 г. по апрель 2014 г. - в комитет по конституционному законодательству, правовым и судебным вопросам, развитию гражданского общества. С апреля 2014 г. был членом комитета по конституционному законодательству и государственному строительству. В сентябре 2019 г. в Совфеде его сменил Сергей Меликов.
После ухода из Совета Федерации с 2019 по 2020 г. занимал должность заместителя председателя правительства Ставропольского края.
С ноября 2020 г. - член Совета Федерации РФ (сенатор) - представитель от исполнительного органа государственной власти Ставропольского края. Был наделен полномочиями 11 ноября 2020 г., 27 сентября 2024 г. (в Совфеде он сменил Сергея Меликова).
Один из учредителей Фонда культуры греков Северо-Кавказского федерального округа "Надежда".
Награжден орденом Почета (2017), медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2011). Имеет Почетную грамоту президента РФ (2023).