Родился 5 июля 1936 г. в городе Лейю округа Сент-Эндрю на острове Сент-Винсент. Его родители владели несколькими отелями.
Образование получил в США. Окончил химический факультет Ховардского университета в Вашингтоне и Медицинский университет Апстейт при Государственном университете штата Нью-Йорк (кампус в г. Сиракьюс), затем - интернатуру и ординатуру в многопрофильных госпиталях Монреаля (Канада) и Рочестера (США). По специальности терапевт и кардиолог.
В 1971 г. вернулся в Сент-Винсент и Гренадины, где стал главным врачом госпиталя Кингстауна (сейчас – Мемориальный госпиталь им. Милтона Като), обслуживавшего около 110 тыс. местных жителей. Эту должность он занимал в течение 14 лет. Также работал помощником декана факультета клинических исследований в Университете Сент-Джордж (Гренада).
В 1974 г. вместе с бизнесменом Видалом Брауном приобрел остров Янг-Айленд площадью около 14 га у южного побережья острова Сент-Винсент. Компаньоны владеют этим престижным курортом до настоящего времени.
В 1985-1992 гг. Фредерик Баллантайн исполнял обязанности начальника медицинской службы Сент-Винсента и Гренадин. В этот период было открыто несколько окружных больниц, запущены программы приходящих врачей-специалистов, планирования семьи и вакцинации школьников, основаны Кардиологическая и Диабетическая ассоциации Сент-Винсента и Гренадин.
В 1990-е гг. возглавлял банк Millennium ("Миллениум", зарегистрирован в Сент-Винсенте). В феврале 1998 г. стал председателем международного филиала канадской фармакологической компании Dimethaid Research ("Диметэйд ресерч") на Барбадосе.
В 2001 г. был назначен заместителем руководителя Исследовательского и образовательного фонда Наветренных островов (Гренада). Основал компанию по оказанию финансовых услуг International Business Services ("Интернэшнл бизнес сервисез").
2 сентября 2002 г. вступил в должность генерал-губернатора Сент-Винсента и Гренадин. В связи с этим официально завершил карьеру врача, однако даже после ухода из медицины продолжал работать на добровольных началах в качестве консультанта. В своей политической деятельности большое внимание уделял развитию туризма и образования (особенно медицинского).
31 июля 2019 г. Баллантайн выразил желание покинуть пост по состоянию здоровья. Скончался 23 января 2020 г.
Кавалер Большого креста ордена св. Михаила и св. Георгия (Великобритания, 2002).
Почетный доктор наук Университета Вест-Индии (кампус Кейв Хилл, Барбадос, 2009).
Был женат на Салли Энн Баллантайн. У них двое детей - Адам и Эмма.