Родился 7 декабря 1959 г. в с. Новобогородицком Петропавловского района Воронежской области.
В 1981 г. окончил Борисоглебское высшее военное авиационное училище летчиков, офицер с высшим военно-специальным образованием, летчик-инженер (ныне - Борисоглебский учебный авиационный центр подготовки летного состава имени В. П. Чкалова). В 1992 г. окончил командный факультет Военно-воздушной академии имени Ю. А. Гагарина (офицер с высшим военным образованием), в 2004 г. - Военную академию Генерального штаба Вооруженных сил РФ (специалист в области управления).
Кандидат технических наук.
С 1977 г. - на военной службе. В 1981-1989 гг. - летчик-инструктор, командир звена в Барнаульском высшем военном авиационном училище летчиков им. Главного маршала авиации К. А. Вершинина.
В 1980-х гг. в составе ограниченного контингента группировки советских войск принимал участие в военных действиях в Афганистане.
С 1989 по 1992 г. - слушатель Военно-воздушной академии. После ее окончания - старший штурман, командир эскадрильи в Борисоглебском учебном центре подготовки летного состава, командир эскадрильи, заместитель командира штурмового авиационного полка.
С сентября 1996 г. по октябрь 2000 г. - командир 899-го гвардейского штурмового авиационного Оршанского дважды краснознаменного, ордена Суворова III степени полка им. Ф. Э. Дзержинского (Бутурлиновка, Воронежская область).
В 2000-2002 гг. - заместитель командира, с 2004 г.- командир 105-й смешанной авиационной дивизии 16-й армии ВВС и ПВО (Воронеж).
В 2005 г. присвоено звание "генерал-майор".
С мая 2006 г. - заместитель командующего, с июня 2008 г. - командующий 14-й армией ВВС и ПВО (Новосибирск).
Участник двух контртеррористических операций на Северном Кавказе (т. н. первая и вторая чеченские кампании). В общей сложности совершил порядка 400 боевых вылетов.
С августа 2009 г. - командующий 2-м командованием ВВС и ПВО.
С августа 2010 г. - заместитель главнокомандующего Военно-воздушными силами.
С июля 2011 г. по май 2012 г. - начальник Главного штаба - первый заместитель главнокомандующего Военно-воздушными силами.
С 6 мая 2012 г. по 1 августа 2015 г. - главнокомандующий Военно-воздушными силами (сменил на этом посту генерал-полковника Александра Зелина).
В августе 2012 г. присвоено звание генерал-лейтенанта.
С 1 августа 2015 г. по 26 сентября 2017 г. - главнокомандующий Воздушно-космическими силами (в связи с объединением ВВС и Войск воздушно-космической обороны в новый вид войск). Осуществлял руководство авиагруппой ВКС России в Сирии.
В целом на военной службе Виктор Бондарев провел 40 лет.
26 сентября 2017 г. президент РФ Владимир Путин освободил его от должности главнокомандующего ВКС России и уволил с военной службы.
С 2017 г. - член Совета Федерации РФ (сенатор) от Кировской области. 19 сентября 2017 г. был наделен полномочиями сенатора - представителя от исполнительной власти Кировской области (полномочия подтверждены 23 сентября 2022 г.). В Совфеде Виктор Бондарев сменил Олега Казаковцева. С 27 сентября 2017 г. по 11 октября 2023 г. - председатель комитета по обороне и безопасности. С 11 октября 2023 г. - первый заместитель председателя комитета СФ РФ по обороне и безопасности (председателем комитета стал Владимир Булавин).
Член коллегии Военно-промышленной комиссии РФ (с ноября 2017 г.).
Генерал-полковник (2014).
Заслуженный военный летчик РФ (2010), военный летчик-снайпер.
Имеет общий налет более 3 тыс. часов. Освоил несколько типов авиационной техники, в том числе учебно-тренировочный самолет Aero L-29 Delfin ("Аэро Л-29 "Дельфин"), истребитель МиГ-21, штурмовик Су-25 и его модификации.
Герой Российской Федерации (2000, "за мужество и героизм, проявленные при исполнении воинского долга в ходе контртеррористической операции на Северном Кавказе").
Награжден орденами Александра Невского (2021), "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2016), Мужества (1995), медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (1995), "За службу Родине в Вооруженных Силах СССР" III степени (1984), а также медалями Жукова, "За воинскую доблесть" I степени, медали "За отличие в военной службе" I и II степеней и др. Имеет Почетную грамоту (2019) и благодарность правительства РФ (2022).