Родился 15 сентября 1957 г. в с. Беленихино Прохоровского района Белгородской области.
В 1976 г. окончил Белгородский индустриальный техникум, в 1988 г. - Всесоюзный ордена Трудового Красного Знамени заочный политехнический институт по специальности "электрические машины" с присвоением квалификации "инженер-электромеханик". В 2002 г. окончил Белгородский филиал Орловской региональной академии государственной службы по специальности "государственное и муниципальное управление", квалификация "менеджер".
Кандидат социологических наук, в 2009 г. в Орловской региональной академии государственной службы защитил диссертацию на тему: "Развитие стратегического управления городом: социально-технологический аспект".
В 1976-1978 гг. проходил срочную воинскую службу в ракетных войсках стратегического назначения в Прикарпатском военном округе.
После возвращения из армии работал электромонтером на заводе по переработке пластмасс в Белгороде (позднее - АООТ "Белпласт"). Был избран секретарем комитета ВЛКСМ предприятия.
В 1983 г. перешел в Белгородский городской комитет (горком) комсомола, спустя год - в областной комитет ВЛКСМ, где возглавлял отдел комсомольских организаций.
В 1987-1989 гг. работал в организационном отделе, в отделе организационно-партийной и кадровой работы Белгородского горкома КПСС.
В 1989 г. был назначен заместителем директора АООТ "Белпласт". Затем, с 1993 г., в течение пяти лет работал на других предприятиях Белгорода, где занимал различные руководящие должности.
В 1998 г. стал консультантом управления организационно-контрольной работы департамента организационно-контрольной и кадровой работы комитета по организационно-аналитической и кадровой работе администрации Белгородской области.
С 2000 по 2010 гг. - заместитель главы администрации Белгорода (администрацию города возглавляли Георгий Голиков, 1994-2001; Василий Потрясаев, 2002-2011). Руководил комитетами по социальной политике, организационно-аналитической и кадровой работе, был главой аппарата администрации.
В январе 2010 г. назначен заместителем губернатора Белгородской области Евгения Савченко, начальником департамента кадровой политики.
В 2011-2015 гг. - глава администрации (мэр) Белгорода, сменил на этом посту Василия Потрясаева. Избирался городским советом депутатов 8 февраля 2011 г. и 20 сентября 2013 г. (согласно уставу города, его глава избирается депутатами горсовета по результатам отбора конкурсной комиссии). Полномочия прекратил досрочно в 2015 г. в связи с переходом на работу в обладминистрацию.
9 октября 2015 г. был назначен заместителем губернатора Белгородской области Евгения Савченко, курировал областной департамент образования.
В 2016-2021 гг. - депутат Государственной думы РФ VII созыва. Был избран 18 сентября 2016 г. по Белгородскому одномандатному избирательному округу № 75 (выдвинут партией "Единая Россия"). Набрал 52,87% голосов, его ближайший соперник - депутат Госдумы VI созыва от "Справедливой России" Юрий Селиванов получил 12,28% голосов. В нижней палате парламента Сергей Боженов вошел во фракцию "Единая Россия", стал членом думского комитета по образованию и науке.
Член партии "Единая Россия" (с 2010 г.).
Президент Белгородской региональной общественной организации "Федерация футбола".
Капитан запаса.
Награжден медалями "За заслуги перед Землей Белгородской" I и II степени (2015, 2007). Имеет благодарность администрации города Белгорода (2003), почетные грамоты администрации города Белгорода (2007), губернатора Белгородской области (2012) и города Белгорода (2015).
Действительный член Академии наук социальных технологий и местного самоуправления (2008; межнациональная общественная организация).