Родился 11 января 1974 г. в гор. Ачинске (Красноярский край).
Окончил Красноярский инженерно-строительный институт (ныне Инженерно-строительный институт Сибирского федерального университета, СФУ). В 2003 г. стал выпускником Красноярского государственного университета (в настоящее время входит в состав СФУ) по специальности "юрист".
В 1995 г. начал службу в органах внутренних дел в должности госавтоинспектора дорожного надзора отдела Госавтоинспекции Управления внутренних дел (УВД) г. Ачинска.
С 1996 по 2003 гг. служил в различных подразделениях УВД г. Ачинска, занимал должности командира роты дорожно-постовой службы, начальника отдела ГИБДД, заместителя начальника управления - начальника отдела кадров.
В 2003-2006 гг. был заместителем начальника управления - начальником милиции общественной безопасности УВД г. Ачинска и Ачинского района.
15 мая 2006 г. Михаил Черников был назначен начальником Управления ГИБДД ГУВД Красноярского края. Краевым Главным управлением МВД РФ в это время руководил Александр Горовой, который в 2010 г. был переведен на Ставрополье, а в июне 2011 г. назначен первым заместителем министра внутренних дел РФ.
9 мая 2011 г. Михаил Черников занял должность заместителя начальника Главного управления МВД по Ставропольскому краю Александра Горового, а с июля 2011 г. - Александра Олдака.
5 февраля 2015 г. указом президента РФ Черников был назначен начальником УМВД РФ по Хабаровскому краю. Сменил на этом посту генерал-майора полиции Андрея Сергеева, который возглавил Главное управление МВД по Челябинской области.
17 июня 2017 г. указом президента РФ Михаил Черников назначен начальником Главного управления по обеспечению безопасности дорожного движения Министерства внутренних дел РФ. Сменил на посту Виктора Нилова, освобожденного от должности 29 марта 2017 г.
Генерал-лейтенант полиции (2018).
Награжден ведомственными медалями МВД России.
Мастер спорта СССР по гиревому спорту. Кандидат в мастера спорта по дзюдо.