Родился 6 февраля 1961 г. в Москве. Его отец, Лев Константинович Эрнст, был доктором сельскохозяйственных наук, с конца 1970-х гг. работал вице-президентом Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук им. В. И. Ленина (ныне имя отца Эрнста носит Федеральный исследовательский центр животноводства в подмосковном Подольске). Мать - Светлана Ниловна Голевинова.
В 1983 г. Константин Эрнст окончил биологический факультет Ленинградского государственного университета им. А. А. Жданова (ныне Санкт-Петербургский государственный университет). Работал в научно-исследовательских институтах, занимался генной инженерией.
Кандидат биологических наук (1986). Тема диссертации - "Динамика созревания мессенджер-РНК при созревании ооцитов млекопитающих in vitro".
После защиты диссертации Константин Эрнст отказался от стажировки в зарубежном университете и принял решение завершить научную деятельность. Планировал заниматься кинематографом, однако начал карьеру на телевидении. Работал в ТПО "Видеофильм", затем в главной редакции молодежных программ Центрального телевидения Гостелерадио СССР. Одной из первых работ Эрнста для ТВ была съемка клипа на песню "Аэробика" рок-группы "Алиса". Также он снял полнометражный музыкальный фильм "Радио тишины" о премьере первого студийного альбома рок-музыканта Бориса Гребенщикова (в 2023 г. признан в РФ иноагентом; 1988) и короткометражный фильм "Homo duplex" (1989).
В 1988-1989 гг. был сценаристом, режиссером выпусков программы "Взгляд" (выходила на Первой программе Центрального телевидения). В 1991-1995 гг. - автор, ведущий, режиссер, продюсер телепередачи "Матадор" (транслировалась на Первой программе Центрального телевидения, затем - на "1-м канале Останкино" и ОРТ).
В 1995 г. Константин Эрнст был назначен на пост генерального продюсера телеканала ОРТ (с 2002 г. - Первый канал). В том же году совместно с режиссером Денисом Евстигнеевым создал серию роликов социальной рекламы "Русский проект". Далее последовала работа над тремя частями новогоднего телевизионного мюзикла "Старые песни о главном" (1995-1997). В число продюсерских проектов Эрнста этого периода также входят сериал "Зал ожидания" (1998, режиссер Дмитрий Астрахан), кинофильмы "Блокпост" (1998, Александр Рогожкин) и "Мама" (1999, Денис Евстигнеев).
С 3 сентября 1999 г. Константин Эрнст являлся исполняющим обязанности генерального директора ОРТ, сменил на этой должности Игоря Шабдурасулова. Был официально утвержден на посту генерального директора на собрании акционеров ОРТ 6 октября 1999 г.
В последующие годы выступал в качестве продюсера музыкального телепроекта "Фабрика звезд" (2002-2007, 2011-2012), кинофильмов "72 метра" (2004, Владимир Хотиненко), "Ночной дозор" (2004, Тимур Бекмамбетов), "Дневной дозор" (2005, Тимур Бекмамбетов), "Турецкий гамбит" (2005, Джаник Файзиев), "Ирония судьбы. Продолжение" (2007, Тимур Бекмамбетов), "Край" (2010, Алексей Учитель), "Высоцкий. Спасибо, что живой" (2011, Петр Буслов), "Викинг" (2016, Андрей Кравчук), "Довлатов" (2018, Алексей Герман-младший), нескольких сериалов Первого канала.
В 2014 г. Константин Эрнст был генеральным продюсером церемоний открытия и закрытия XXII зимних Олимпийских игр в Сочи (Краснодарский край).
В 2019 г. стал владельцем ООО "Экримтор" (работает в сфере подготовки недвижимости).
С июня 2020 г. по март 2022 г. Константин Эрнст являлся членом совета директоров МТС.
Член Академии российского телевидения, Российской академии кинематографических искусств, Национальной академии кинематографических искусств и наук России.
Входит в состав совета Фонда кино, правления Национальной ассоциации телерадиовещателей, попечительских советов Санкт-Петербургского государственного университета, Федерации шахмат России, Государственной Третьяковской галереи, Высшей школы (факультета) телевидения Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова.
Постоянный член жюри высшей лиги КВН.
Полный кавалер ордена "За заслуги перед Отечеством" (2021 - I степень, 2014 - II степень, 2011 - III степень, 2006 - IV степень). Также награжден орденами Дружбы (Южная Осетия, 2008) и "Достык" II степени (Казахстан, 2017). Имеет Почетные грамоты президента РФ (2009) и правительства РФ (2012). Отмечен благодарностями президента России (2008, 2018). Удостоен медали Министерства обороны РФ "Участнику военной операции в Сирии" (2016).
Лауреат Государственной премии РФ в области литературы и искусства 2002 и 2022 гг., премии правительства РФ в области СМИ 2017 г.
Многократный лауреат российской телевизионной премии ТЭФИ.
Обладатель специального приза "За личный вклад в развитие индустрии кино и сериалов" премии Ассоциации продюсеров кино и телевидения (2023).