Родился 10 октября 1960 г. в г. Ташкенте Узбекской ССР (ныне Республика Узбекистан).
В 1983 г. окончил факультет управления и прикладной математики Московского физико-технического института в г. Долгопрудном Московской области.
С 1983 по 1984 г. работал в Центральном конструкторском бюро "Алмаз" (ныне Научно-производственное объединение "Алмаз" им. академика А. А. Расплетина).
В 1984-1986 гг. служил в Ракетных войсках стратегического назначения Вооруженных сил СССР.
С 1986 по 1988 г. - научный сотрудник Вычислительного центра Академии наук СССР (АН СССР, ныне Вычислительный центр имени А. А. Дородницына Российской академии наук). Занимался исследованиями в сфере макроэкономики.
В 1988-1990 гг. работал в Институте энергетических исследований АН СССР.
В 1990-1992 гг. - старший научный сотрудник Института проблем рынка АН СССР.
В 1993 г. Валерий Фадеев перешел в Экспертный институт Российского союза промышленников и предпринимателей ("Эксин", ныне Научно-просветительский фонд "Экспертный институт"). В 1993-1995 гг. был заместителем директора "Эксина" Евгения Ясина.
Одновременно в 1992-1995 гг. - эксперт, научный редактор журнала "Коммерсант-Weekly" издательского дома "Коммерсант". В 1995 г. покинул редакцию вместе с рядом сотрудников, включая учредителя АОЗТ "Коммерсант-Weekly" Михаила Рогожникова. Принял участие в создании нового аналитического издания - журнала "Эксперт".
С 1995 по 1998 г. был научным редактором, первым заместителем главного редактора журнала "Эксперт" Михаила Рогожникова, с 1996 г. - Никиты Кириченко.
В 1998 г. по совместительству работал первым заместителем главного редактора газеты "Известия" Ивана Лаптева.
В ноябре 1998 г. стал главным редактором журнала "Эксперт".
В 2001-2004 гг. – один из соучредителей, сопредседатель Общероссийской общественной организации "Деловая Россия".
С 2004 по 2018 г. являлся директором автономной некоммерческой организации "Институт общественного проектирования" (занимается комплексными политическими, социологическими и экономическими исследованиями, лекционной и организационной работой, а также издательской деятельностью).
С июля 2006 г. по июнь 2017 г. - генеральный директор, совладелец ЗАО "Медиахолдинг "Эксперт". Создатель телеканала "Эксперт-ТВ".
В 2006-2014 гг. был членом Общественной палаты РФ (ОП РФ) I – IV составов. Входил в ОП РФ по президентской квоте. В 2006-2008 гг. занимал должность заместителя председателя комиссии по вопросам глобализма и национальной стратегии развития. В 2008-2014 гг. возглавлял комиссию по экономическому развитию и поддержке предпринимательства, входил в совет ОП РФ. Был одним из разработчиков закона "Об Общественной палате Российской Федерации".
В 2008-2014 гг. - президент общероссийской организации работников СМИ "Медиасоюз".
С 20 октября 2011 г. был членом наблюдательного совета - председателем экспертного совета Агентства стратегических инициатив (АСИ). В настоящее время является членом экспертного совета АСИ.
С 2011 г. - член центрального штаба Общероссийского народного фронта. Руководил рабочей группой ОНФ "Качество повседневной жизни".
В 2012-2019 гг. входил в высший совет партии "Единая Россия". Являлся одним из координаторов либеральной платформы партии.
В 2012 г. был доверенным лицом кандидата в президенты РФ Владимира Путина.
В 2014-2018 гг. сотрудничал с Первым каналом. В 2014-2016 гг. - ведущий общественно-политического ток-шоу "Структура момента", в 2016-2018 гг. - воскресного выпуска телепрограммы "Время". 15 декабря 2016 г. участвовал в ежегодной программе "Разговор с Дмитрием Медведевым" как представитель Первого канала.
В мае 2016 г. принимал участие в предварительном голосовании партии "Единая Россия" по отбору кандидатов в депутаты Госдумы РФ от Республики Коми. По итогам голосования занял шестое место, в окончательный список кандидатов не вошел.
20 марта 2017 г. указом президента РФ Валерий Фадеев был утвержден членом Общественной палаты РФ VI состава.
С 19 июня 2017 г. по 21 октября 2019 г. являлся секретарем Общественной палаты РФ. Сменил на этом посту Вячеслава Бочарова. После избрания секретарем ОП РФ заявил, что покинул посты генерального директора медиахолдинга "Эксперт" и главного редактора одноименного издания, продав свою долю в холдинге Внешэкономбанку. При этом остался журналистом "Эксперта". Также в июне 2017 г. приостановил членство в партии "Единая Россия".
21 октября 2019 г. перешел на работу в Администрацию президента РФ. Указом главы государства Владимира Путина был назначен советником президента РФ, а также председателем Совета при президенте РФ по развитию гражданского общества и правам человека. Сменил на обоих постах Михаила Федотова, уволенного с государственной службы в связи с достижением предельного возраста.
Является членом совета директоров Всероссийского центра изучения общественного мнения (ВЦИОМ, с июня 2017 г.).
Входит в попечительский совет фонда "Вольное дело" Олега Дерипаски.
Действительный государственный советник РФ III класса (2020).
Награжден медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2008). Отмечен Почетной грамотой (2010) и благодарностью (2008) президента РФ.