. Внимание! Статья находится в стадии наполнения.
С 2016 г. занимал должности советника, главного советника, затем заместителя начальника департамента в управлении Администрации президента РФ по социально-экономическому сотрудничеству с государствами – участниками Содружества Независимых Государств, Республикой Абхазия и Республикой Южная Осетия (начальник управления - Олег Говорун). Курировал вопросы отношений России и Южной Осетии.
В октябре 2018 г. это подразделение администрации было реорганизовано в Управление президента РФ по приграничному сотрудничеству. Алексей Филатов стал заместителем начальника управления Олега Говоруна. На этом посту Филатов сменил ушедшего в отставку Максима Полякова. По словам политолога Алексея Чеснакова, в управлении Алексей Филатов курировал гуманитарное и политическое взаимодействие с правозглашенными Донецкой и Луганской народными республиками.
17 апреля 2019 г. Алексей Филатов был назначен начальником управления Администрации президента РФ по приграничному сотрудничеству. 29 августа 2025 г. указом главы государства данное подразделение было упразднено.
Действительный государственный советник РФ III класса (2019).