Родился 18 октября 1959 г. в г. Сан-Сальвадор в семье среднего достатка. Отец, Роберто Фунес, был аудитором на госслужбе, мать, Мария Картахена, – секретарём в офисе.
Начальное образование получил в школе при Центральноамериканском колледже. Затем учился в частном католическом лицее, после окончания которого в 1976 г. поступил в Центральноамериканский университет им. Хосе Симеона Каньяса. Изучал литературу и журналистику.
Во время гражданской войны в Сальвадоре 1979–92 гг. Маурисио Фунес не примкнул ни к одному из политических движений. Его старший брат Роберто был убит полицией во время студенческой антиправительственной манифестации в августе 1980 г.
В 1986 г. Маурисио Фунес начал карьеру тележурналиста. Вначале работал репортером на новостном 10-м канале телевидения, а с 1987 г. – на “Канале 12”, где через десять лет возглавил новостную службу. С 1991 по 2004 г. получил 12 национальных и международных наград в области журналистики, в том числе престижную премию Колумбийского университета (США) в 1994 г. В качестве корреспондента сотрудничал с CNN, брал интервью у влиятельных деятелей мировой политики – генеральных секретарей ООН и ОАГ, Луиса Инасиу да Силвы, Фиделя Кастро, Уго Чавеса.
Маурисио Фунес выступал с последовательной критикой правительства, вел программу “Без цензуры”, благодаря чему стал очень популярным в стране журналистом. Так, в 2001 г. в Сальвадоре возник громкий скандал после того, как Маурисио Фунес обнародовал информацию о махинациях с международной помощью, которая была предоставлена Сальвадору для ликвидации последствий землетрясения. В феврале 2005 г. Фунес был уволен с “Канала 12”. Уже в мае он вернулся в телеэфир 15-го и 21-го каналов группы “Мегависьон”, а также возобновил на радио программу “Без цензуры”.
В сентябре 2007 г. Маурисио Фунес завершил карьеру журналиста и занялся политикой. В том же году, заключив соглашение с Фронтом национального освобождения им. Фарабундо Марти (ФНОФМ), он стал кандидатом в президенты на выборах 2009 г. Членом ФНОФМ стал в августе 2008 г. 15 марта 2009 г. с результатом 51,3% одержал победу, а 1 июня 2009 г. вступил в должность президента. В связке с Фунесом вице-президентом был выбран Сальвадор Санчес Серен. Впервые в истории Сальвадора страну возглавили представители левых сил.
1 июня 2014 г. Маурисио Фунес передал свой пост Сальвадору Санчесу Серену, избранному на новый президентский срок (переизбрание президента Конституцией Сальвадора не допускается).
В феврале 2016 г. в отношении Маурисио Фунеса было начато судебное разбирательство, связанное с финансовыми операциями во время его президентского правления. Фунес назвал это дело политически мотивированным и покинул территорию страны, поселившись в Никарагуа (в июле 2019 г. получил гражданство этой страны). 28 ноября 2017 г. сальвадорский суд признал бывшего президента виновным в незаконном обогащении и обязал его возместить государству более $206 тыс. Еще более $212 тыс. должен выплатить его сын Диего Фунес Каньяс. Маурисио Фунесу было запрещено в течение десяти лет занимать в Сальвадоре какие-либо государственные посты. Кроме того, прокуратура продолжила расследование деятельности бывшего главы государства, подозревая его в хищении, заключении незаконных сделок, растрате и превышении должностных полномочий. В 2018 г. был выдан ордер на его арест за возможную причастность к хищению порядка $350 млн, а также отмыванию денег. 29 мая 2023 г. власти страны заочно приговорили Маурисио Фунеса к 14 годам тюремного заключения за сговор с членами преступных группировок.
Маурисио Фунес был трижды женат. Последний раз - на бразильянке Ванде Пигнато, с которой расстался после истечения срока президентского мандата. В этом браке был рожден сын Габриэль. От двух предыдущих браков Фунес имеет еще двух сыновей. Первый сын Фунеса, Алехандро, трагически погиб в Париже в 2007 г.