Родился 7 апреля 1965 г. в Махачкале Дагестанской АССР (ныне Республика Дагестан). Включен в реестр иностранных агентов (2023).
В 1996 г. окончил Институт управления и бизнеса в Махачкале, в 1998 г. - юридический факультет Дагестанского государственного университета.
С 1983 по 1985 г. проходил срочную службу в Вооруженных силах СССР.
После службы в армии работал заместителем директора (1985-1994), затем директором (1994-1996) базы комплектации "Хушетская" производственного аграрно-промышленного объединения "Дагвино" Госагропрома Дагестанской АССР (впоследствии - республиканская контрактная корпорация "Дагвино").
В 1996-1998 гг. был заместителем начальника Западно-Каспийского бассейнового управления по охране, воспроизводству рыбных запасов и регулированию рыболовства (Управление "Запкаспрыбвод").
С 1998 по 2001 г. - заместитель начальника Государственной налоговой инспекции по Республике Дагестан, затем заместитель руководителя управления Министерства РФ по налогам и сборам (МНС России) по Республике Дагестан.
С 2001 г. являлся заместителем руководителя межрегиональной инспекции МНС России по Южному федеральному округу.
С 2003 по 2021 г. - депутат Государственной думы.
7 декабря 2003 г. был избран депутатом Госдумы IV созыва по Буйнакскому одномандатному избирательному округу №10 (Республика Дагестан). Входил в состав фракции "Единая Россия", был заместителем председателя думского комитета по делам национальностей.
2 декабря 2007 г. избран депутатом Госдумы V созыва по списку партии "Единая Россия" (седьмой номер в региональной группе №5, Республика Дагестан). Был членом фракции "Единая Россия", членом комитета Думы по транспорту.
4 декабря 2011 г. избран депутатом Госдумы VI созыва по списку "Единой России" (четвертый номер в региональной группе №5, Республика Дагестан). Член фракции "Единая Россия", член думского комитета по вопросам собственности.
18 сентября 2016 г. избран депутатом Госдумы VII созыва по списку партии "Единая Россия" (третий номер в региональной группе №26, Республика Дагестан). Член фракции "Единая Россия".
26 мая 2023 г. Минюст внес Гаджиева в реестр физлиц-иноагентов. Согласно сообщению ведомства, экс-депутат, находясь за пределами России, с целью получения иностранного гражданства выражал готовность сотрудничать с иностранными источниками, а также заявлял о поддержке властей Украины.
27 мая 2023 г. решением политсовета дагестанского регионального отделения "Единой России" Гаджиев был исключен из ее рядов за "действия, дискредитирующие партию".
15 февраля 2024 г. Магомед Гаджиев объявлен в розыск по уголовной статье.
23 декабря 2024 г. Советский районный суд Махачкалы арестовал банковские счета и недвижимость Магомеда Гаджиева, его супруги, сына и родственников.
20 августа 2025 г. Советский районный суд Махачкалы принял к производству иск о признании Магомеда Гаджиева, его сожительницы, сына и сестры экстремистским объединением и обращении в доход РФ принадлежащего им недвижимого имущества на сумму более чем 2 млрд руб.
Как установила проверка Генпрокуратуры, бывший депутат после начала СВО выехал за рубеж, где начал поддерживать вооруженную агрессию киевского режима против России и народов Донбасса, оказывая финансовую помощь украинским военизированным формированиям, дискредитируя Вооруженные силы РФ и оправдывая незаконные санкции в отношении РФ. По данным Генпрокуратуры, Гаджиев выразил готовность сотрудничать с западными спецслужбами в обмен на предоставление ему иностранного гражданства, о чем сообщил в видеозаписи в телеграм-канале. Ранее за раскрытие сведений закрытого характера он получил от правительственных структур США не менее $45 млн, что было выявлено Департаментом государственной эффективности правительства США. Его сожительница Нина Коломийцева осуществляет финансовую поддержку Украины и ее вооруженных формирований, распространяет дискредитирующую информацию о действиях армии России в ходе СВО. Сын и сестра Гаджиева выступают держателями принадлежащих ему активов, тем самым обеспечивая финансовую поддержку экстремистской деятельности.
На территории России у Гаджиева осталось высоколиквидное имущество: коммерческая недвижимость, элитное жилье и земельные участки в Дагестане, Москве и Московской области общей стоимостью более 2 млрд руб., оформленные на его родственников и близких лиц и подконтрольные компаниям "Усадьба в Кадашах" и "Квинтэссэнс", доходы от которых выводились за рубеж. Генпрокуратура РФ потребовала через суд обратить имущество экс-депутата в доход РФ как источников финансирования экстремистской деятельности. Кроме того, Генпрокуратура потребовала прекратить лицензию, оформленную до 15 сентября 2033 г., находящейся под контролем Гаджиева компании "Сулакнеруд" (учредителем компании является его сестра) по добыче песчано-гравийной смеси на Чирюртовском месторождении в Дагестане. Прибыль организации, по данным ГП, Гаджиев выводит в США и Францию, где ему принадлежит элитная недвижимость.
21 ноября 2025 г. Советский районный суд Махачкалы по иску Генпрокуратуры РФ признал Гаджиева и его родственников - сына, сестру и сожительницу - участниками экстремистского объединения. Суд запретил их деятельность в РФ "в связи с установленными фактами оказания материальной и иной поддержки вооруженной агрессии киевского режима против народа Донбасса". В доход государства обращены активы семьи "совокупной стоимостью более 2 млрд руб., включающие полный пакет долей в уставном капитале подконтрольного ООО, денежные средства, в том числе имеющиеся на счетах, 52 объекта недвижимости с 18 земельными участками, коммерческие здания и помещения".
Государственный советник налоговой службы III ранга (2000).
Имеет благодарность правительства РФ (2011).