Родился 6 февраля 1981 г. в г. Цхинвали Юго-Осетинской автономной области Грузинской ССР (ныне г. Цхинвал, Республика Южная Осетия).
В 2002 г. окончил очное отделение экономического факультета (направление "Финансы и кредит"), а также заочное отделение юридического факультета Юго-Осетинского государственного университета им. А. А. Тибилова. В 2003 г. во Владикавказе (Северная Осетия, РФ) окончил курсы повышения квалификации по президентской программе подготовки кадров в Российской Федерации.
В 2002-2004 гг. - главный специалист отдела поддержки малого и среднего предпринимательства и антимонопольной политики Министерства экономического развития Республики Южная Осетия.
С 2004 по 2017 г. - сотрудник Комитета государственной безопасности Республики Южная Осетия. Участник боевых действий в ходе грузино-южноосетинских конфликтов 2004 и 2008 гг.
Вышел в отставку в звании подполковника.
9 апреля 2017 г. в качестве одного из трех кандидатов принимал участие в президентских выборах в республике (был выдвинут инициативной группой). Набрал 10,02% голосов избирателей, уступив спикеру парламента республики Анатолию Бибилову (54,8%) и действующему на тот момент президенту Южной Осетии Леониду Тибилову (33,7%).
После президентских выборов Алан Гаглоев в сентябре 2017 г. объявил о создании партии "Аланский союз". Учредительный съезд нового политического объединения состоялся 10 марта 2018 г. Однако в мае того же года Минюст Южной Осетии отказал партии в регистрации, обосновав решение нарушениями, выявленными в ее учредительных документах, а также тем, что ряд членов Аланского союза уже являются членами других политических партий.
В январе 2019 г. партии "Аланский союз" и "Новая Осетия" заявили об объединении с парламентской партией "Ныхас" на базе последней.
В феврале 2020 г. Алан Гаглоев был избран председателем политической партии "Ныхас".
7 февраля 2022 г. инициативная группа избирателей выдвинула Алана Гаглоева кандидатом на пост президента Южной Осетии. В первом туре выборов 10 апреля он набрал 38,55% голосов и вышел во второй тур вместе с действующим главой государства Анатолием Бибиловым (34,95%). 8 мая 2022 г. одержал победу во втором туре президентских выборов с результатом 56,09% голосов избирателей (Анатолий Бибилов набрал 40,90%). Официально вступил в должность 24 мая 2022 г.
В своей предвыборной программе Гаглоев выступал за "возвращение народовластия" и "власти закона". Он считает необходимым провести в Южной Осетии реформы судебной и правоохранительной систем, местного самоуправления, принять Концепцию национального развития и безопасности и оборонную доктрину, усилить независимый контроль за правоохранительными органами страны. Комментируя инициативу своего соперника, действующего главы республики Анатолия Бибилова, о необходимости вхождения Южной Осетии в состав РФ, Алан Гаглоев выразил мнение, что подобные шаги являются несвоевременными в нынешней политической ситуации и такие вопросы нельзя решать в одностороннем порядке. По его словам, лишь когда Россия, которая является стратегическим партнером Южной Осетии, "даст сигнал", республика может "при необходимости сделать шаг навстречу".
30 мая 2022 г. президент Южной Осетии Алан Гаглоев приостановил указ бывшего главы республики Анатолия Бибилова о референдуме о присоединении к РФ до завершения консультаций с Москвой.
Женат, имеет сына и дочь.