Родилась 19 октября 1980 г. в Москве в семье научных работников. Отец — Виктор Прокофьев, профессор-физик. Мать — математик, преподавала в Московском государственном университете им. М. В. Ломоносова. Родители развелись, когда Екатерина Гордон училась в школе. Фамилия при рождении - Прокофьева, впоследствии также носила фамилию отчима - Подлипчук.
В 2002 г. окончила факультет педагогики и психологии Московского педагогического государственного университета. Затем - Высшие курсы сценаристов и режиссеров (училась в мастерской Петра Тодоровского) и Московскую государственную юридическую академию.
В начале 2000-х гг. вместе с мужем Александром Гордоном вела передачу "Хмурое утро" (телеканал М1, ныне - "Домашний"). В середине 2000-х гг. начала работать в качестве радиоведущей. Сотрудничала с радиостанциями "Серебряный дождь", "Культура", "Маяк", "РСН", "Арсенал", "Говорит Москва" и др.
В 2007-2008 гг. вместе с писателем Дмитрием Глуховским (в 2022 г. включен в реестр СМИ, выполняющих функции иноагента) вела на радио "Маяк" программу "Культ личности". Широкую известность получил эфир 5 июля 2008 г., когда Екатерина Гордон устроила словесную перепалку с гостьей передачи - телеведущей Ксенией Собчак. Вскоре после данного инцидента Гордон была уволена с радиостанции.
Являлась креативным продюсером молодежного телеканала "02ТВ", ведущей документального телепроекта "Другая сторона легенды" (телеканал "Звезда"), телепрограмм "Времечко" и "PROчтение" ("ТВ Центр"), "Городские пижоны" ("Первый канал"), шоу "Селфи" (телеканал "Ю").
В 2009 г. Екатерина Гордон создала поп-рок-группу BlondRock ("Блондрок"). Коллектив выпустил альбомы "Любовь и свобода" (2010) и "Надоело бояться" (2012).
Автор более двухсот песен. Среди исполнителей - сама Екатерина Гордон, а также Ани Лорак, Григорий Лепс, Дмитрий Колдун и др.
Екатерина Гордон выпустила сольные альбомы "Ничего лишнего…" (2012) и Sex&Drama ("Секс энд драма", 2016). В том же году принимала участие в вокальном проекте Первого канала "Голос", была участницей команды Димы Билана.
В 2010-2011 гг. принимала участие в протестных акциях "Стратегии-31", митинге-концерте в защиту Химкинского леса и др. К 2012 г. перестала участвовать в публичных акциях протеста.
В 2013 г. учредила юридическую компанию Saferoom ("Сейфрум"). В 2017 г. переименовала ее в "Гордон и сыновья".
30 октября 2017 г. Екатерина Гордон заявила о намерении баллотироваться на пост президента РФ.
25 декабря 2017 г. политическая партия "Добрых дел, защиты детей, женщин, свободы, природы и пенсионеров" (Партия добрых дел) выдвинула ее кандидатом на пост президента РФ.
26 января 2018 г. Екатерина Гордон должна была сдать в ЦИК России подписи избирателей в свою поддержку, однако заявила о снятии своей кандидатуры, поскольку "не хочет быть участником фарса". В тот же день Екатерина Гордон сообщила журналистам о планах по созданию Конституционно-демократической партии России.
Автор книг "Конченые" (2006), "#Стихикатигордон" (2015), "Легкий способ бросить страдать" (2021).
Разведена. В 2000-2006 гг. была замужем за журналистом Александром Гордоном (род. 1964). Дважды - в 2011 и 2014 гг. - состояла в браке с адвокатом Сергеем Жориным. Сыновья - Даниил (род. 2012; отец - Сергей Жорин) и Серафим (род. 2017; по сообщениям СМИ, отец - предприниматель Игорь Мацанюк).