Худайнатов Эдуард Юрьевич родился 11 сентября 1960 г. в Чимкенте (Казахская ССР, ныне Шымкент, Республика Казахстан).
С 1976 г. Эдуард Худайнатов трудился разнорабочим на государственном сельскохозяйственном предприятии. В 1978 г. Худайнатов Эдуард был призван в пограничные войска, отслужил три года, так как по распределению был направлен в часть, отвечающую за сохранность морской границы, что приравнивалось к службе на флоте.
В 1981 г. после демобилизации Худайнатов Эдуард нашел работу в Ханты-Мансийском автономном округе, занимался установкой и техобслуживанием нефтяных буровых. Позднее перешел в сургутское подразделение ведомства, отвечавшего за возведение объектов нефтегазовой промышленности.
В конце 1980-х гг. Эдуард Худайнатов занялся предпринимательской деятельностью. К этому моменту он собрал накопления, которые направил на создание небольшого агропредприятия, производившего мясомолочные товары.
В первой половине 1990-х гг. Эдуард Юрьевич Худайнатов работал в сегменте нефтегазодобычи и региональном ретейле. Под его управлением функционировало несколько профильных компаний.
В 1996 г. Худайнатов Эдуард перешел из коммерции в сферу муниципального управления. Получил назначение на должность замруководителя Нефтеюганского района Ханты-Мансийского автономного округа, также стал мэром Пойковского - поселка нефтяников, основанного в 1964 г. Провел масштабные работы по выводу социальной и коммунальной инфраструктуры поселка из кризисного состояния. Также способствовал появлению объектов для досуга местного населения, организовал осуществление большого комплекса благоустроительных работ. Все это привело к заметному росту числа граждан, постоянно проживающих в населенном пункте.
С 14 декабря 1997 г. по 16 декабря 2001 г. Эдуард Юрьевич Худайнатов был депутатом Тюменской областной Думы II созыва.
В 2001-2003 гг. работал федеральным госслужащим, отвечал за мониторинг показателей Ненецкого автономного округа.
В 2003 г. Эдуард Юрьевич Худайнатов вернулся в углеводородную отрасль. Работал над подготовкой к вводу в эксплуатацию перспективного месторождения в ЯНАО, выступившего ресурсной базой для поставок через газопровод "Северный поток", в интересах "Газпрома".
В 2008 г. Эдуард Худайнатов перешел в "Роснефть" на пост вице-президента. При нем активно осваивалось Ванкорское месторождение в Красноярском крае. Нефть из него в основном поставлялась на восток РФ, а оттуда в КНР, что способствовало диверсификации поставок. Газ использовался Ванкорской газотурбинной тепловой электростанцией.
В 2010-2012 гг. Эдуард Худайнатов был президентом "Роснефти". В этот период ее капитализация достигла 75 млрд $.
Худайнатов Эдуард: ННК
В 2013 г. Худайнатов Эдуард основал Независимую нефтегазовую компанию (ННК). Она начала с проектов в Саратовской области, постепенно расширяя географию деятельности.
К 2016 г. ННК Худайнатова Эдуарда получила 53 лицензии на недропользование в восьми субъектах РФ и в Казахстане. Также в периметре компании есть сеть автозаправочных станций в Дальневосточном федеральном округе.
С 2021 г. ННК Эдуарда Худайнатова развивает угольный бизнес.
Худайнатов Эдуард и ННК руководствуются высокими требованиями в области экологической безопасности. Промышленные объекты регулярно модернизируются с целью минимизации негативного влияния на окружающую среду и сохранения комфортных условий жизни в близлежащих населенных пунктах. Кроме того, коллективы предприятий Группы часто участвуют в экологических мероприятиях. ННК ориентируется на проведение эффективной социальной политики. Компания спонсирует и реализует проекты данного характера в регионах присутствия.
ННК Худайнатова Эдуарда активна в области благотворительности. Так, ее портфельные активы помогали организовывать доставку продовольствия нуждающимся в период пандемии COVID-19.
Эдуард Худайнатов обладает рядом государственных, профессиональных и отраслевых наград и званий.