Родился 5 сентября 1969 г. в Вологде.
В 1986 г. поступил в Вологодский юридический заочный институт. В 2005 г. окончил заочное отделение Института мировых цивилизаций в Москве, факультет современного права по специализации "юриспруденция".
После окончания средней школы работал шлифовщиком на 23-м Государственном подшипниковом заводе (ГПЗ).
В 1987-1989 гг. проходил воинскую службу, после чего вернулся на завод. В 1990-1992 гг. работал директором стадиона "Витязь" ГПЗ.
В 1992-1997 гг. был заместителем директора на коммерческих предприятиях ЗАО "Конкор", ТОО "Джокер", ТОО "ПАГ".
В 1997 г. организовал ЗАО "Информационно-правовой центр".
В 1999 г. начал издание журнала "Налоговые известия Вологодской области", в 2002-2003 гг. занимал должность главного редактора журнала.
В 2000-2002 гг. – помощник депутата Государственной думы Российской Федерации.
На выборах 7 декабря 2003 г. избран депутатом Законодательного собрания области по списку Вологодского областного отделения Либерально-демократической партии России (ЛДПР) на профессиональной постоянной основе. Работал в составе постоянного комитета по бюджету и налогам. Являлся руководителем фракции ЛДПР.
На выборах 11 марта 2007 г. вновь избран депутатом Заксобрания Вологодской области по областному избирательному округу от регионального отделения ЛДПР на профессиональной постоянной основе. Стал заместителем председателя постоянной комиссии по Регламенту и депутатской деятельности, был руководителем фракции ЛДПР.
В октябре 2008 г. баллотировался на пост мэра Вологды, занял третье место (7,69%). Победу одержал член "Единой России" Евгений Шулепов (56,12%).
В марте 2010 г. принимал участие в выборах главы Междуреченского муниципального района Вологодской области, занял третье место (11,61%). Главой района был избран единоросс Александр Шадрин (50,66%). 13 марта 2011 г. Сергей Каргинов баллотировался на пост главы Белозерского муниципального района (Вологодская область), но проиграл Александру Ляпину ("Единая Россия").
В 2011-2016 гг. - депутат Государственной думы РФ VI созыва. Был избран по списку ЛДПР от Вологодской и Новгородской областей. Входил в думский комитет по федеративному устройству и вопросам местного самоуправления, фракцию ЛДПР.
14 сентября 2014 г. принимал участие в выборах губернатора Вологодской области. Занял третье место из шести, набрав 10,34%. Победителем стал действующий глава региона Олег Кувшинников ("Единая Россия"), за которого отдали голоса 62,98% избирателей.
18 сентября 2016 г. избран депутатом Государственной думы РФ VII созыва по списку партии ЛДПР (девятый номер в общефедеральной части). С июля 2018 г. - первый заместитель председателя комитета по региональной политике и проблемам Севера и Дальнего Востока. Член фракции ЛДПР.
С 4 февраля 2017 г. - член высшего совета ЛДПР. До 30 марта 2022 г. занимал пост первого замруководителя центрального аппарата партии.
С 2021 г. - депутат Государственной думы РФ VIII созыва. Был избран 19 сентября 2021 г. по списку ЛДПР. Баллотировался по федеральному округу под третьим номером общефедеральной части списка кандидатов от партии. С 12 октября 2021 г. - первый заместитель председателя комитета Госдумы по развитию Дальнего Востока и Арктики.