Родился 2 сентября 1933 г. в поселке Куарфа департамента Атакора на северо-западе Дагомеи (с 1975 г. - Бенин).
Окончил военные училища в Кати (Мали) и Сен-Луи (Сенегал), после чего поступил на службу во французскую армию. Прошел военную подготовку в военных училищах Фрежюса, Монпелье, окончил Школу подготовки офицеров в Париже (в звании младшего лейтенанта).
После провозглашения независимости Республики Дагомея в 1960 г. поступил на военную службу в национальную армию. В 1961-1963 гг. был адъютантом президента Юбера Мага. В 1962 г. произведен в лейтенанты, в 1967 г. – в майоры. В 1967 г. принял участие в военном перевороте, свергнувшем президента Кристофа Согло, был председателем Военного революционного комитета. В 1968 г. военные передали власть гражданскому правительству Эмиля Зинсу, но уже в 1969 г. он было свергнуто в ходе военного переворота. В 1970 г. Кереку был назначен заместителем начальника штаба и командующим воздушно-десантным подразделением в г. Вида. В 1972 г. получил должность министра планирования.
26 октября 1972 г. возглавил очередной военный переворот. В созданном им военно-революционном правительстве занял пост президента, а также начальника штаба армии и министра обороны. Одновременно был повышен до звания подполковника армии (с 1975 г. – полковника).
Вопреки ранним заявлениям Кереку о том, что руководство страны не собирается следовать ни одной импортированной из-за рубежа идеологии, 30 ноября 1974 г. военно-революционное правительство провозгласило курс на строительство социализма. Спустя год, 30 ноября 1975 г. была создана Партия народной революции Бенина /ПНРБ/, председателем центрального комитета которой стал Матье Кереку. Тогда же было принято решение о переименовании страны в Народную Республику Бенин.
В 1977 г. была принята конституция, учредившая в Бенине однопартийный режим. В 1979, 1984 и 1989 гг. в стране проводились выборы в Национальную революционную ассамблею на безальтернативной основе. По итогам выборов Кереку регулярно утверждался на должность президента страны. Его режим пережил несколько попыток военного переворота, в т.ч. организованного при участии иностранных наемников под руководством французского гражданина Боба Денара (1977 г.).
К окончанию 1980-х гг. экономика Бенина оказалась в состоянии глубокого кризиса, что заставило Кереку пойти на реформы политической системы и смену экономического курса. Обратившись за помощью к Международному валютному фонду (МВФ), правительство Бенина вынуждено было принять меры по сокращению расходов и переходу к политике строгой бюджетной экономии, что вызвало всплеск социального недовольства, волну стачек и забастовок. В декабре 1989 г. ПНРБ отказалась от марксистско-ленинской идеологии, а в феврале 1990 г. была созвана национальная конференция, на которой президент выступил с покаянием перед нацией и согласился на проведение реформ и создание переходного правительства под руководством либерального экономиста и функционера МВФ и Всемирного банка Нисефора Согло. Бенин стал первой страной в Тропической Африке, осуществившей плавный и безболезненный переход от авторитарного режима к демократическому правлению. В декабре 1990 г. на референдуме была принята новая конституция, в феврале 1991 г. состоялись парламентские выборы, по итогам которых преемник ПНРБ – Союз сил прогресса - не получил ни одного места в Национальной ассамблее. По итогам второго тура президентских выборов (март 1991 г.) Кереку уступил своему главному сопернику Нисефору Согло и, передав ему полномочия главы государства. Однако уже на следующих выборах в 1996 г. он вновь был избран президентом Бенина. Несмотря на то что в первом туре лидерство вновь досталось Согло, перед вторым туром Кереку поддержали выбывшие из гонки кандидаты. В итоге за Кереку во втором туре проголосовали 52,5% избирателей.
В 2001 г. он был переизбран на второй срок. После того как перед вторым туром сразу два оппозиционных кандидата, обвинив правительство в фальсификации результатов, сняли свои кандидатуры, в соперники действующему президенту достался кандидат, занявший в первом туре лишь четвертое место. По итогам голосования во втором туре Кереку набрал 83,64% голосов. По окончанию второго президентского срока в 2006 г. передал полномочия избранному на выборах президенту Тома Бони Яйи.
Последние годы экс-президент проживал в резиденции в г. Натитингу (департамент Атакора) на северо-западе страны. До последних дней он сохранял авторитет среди соотечественников и продолжал оказывать влияние на политические процессы в Бенине. В связи с его кончиной бенинскими властями был объявлен недельный общенациональный траур.
За тонкое политическое чутье, осмотрительность, а также в связи с тем, что неоднократно менял свои политические взгляды, Кереку заслужил прозвище "Хамелеон". Своеобразным девизом его политической карьеры стала озвученная им в начале правления метафора "ветка дерева не сломается под лапой хамелеона". Кереку также не раз менял свои религиозные убеждения. Будучи католиком, в эпоху построения социализма он заявлял о своих атеистических взглядах, но в 1990-х гг. присоединился к общине христиан-евангелистов. Помимо этого, после посещения с официальным визитом Ливии в 1980 г., появлялись сообщения о якобы совершенном им переходе в ислам.
Матье Кереку состоял в официальном браке с Маргерит Кереку, однако долгое время личная жизнь президента не афишировалась. Впервые на публике первая леди начала появляться лишь в 2005 г. Точное количество детей в семье Кереку также остается неизвестным. В 2013 г. один из сыновей экс-президента Брис Кереку погиб при исполнении военно-полицейской службы в составе миротворческой миссии ООН в Конго (ДРК).