Родилась 1 февраля 1934 г. в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург) в семье Виктора Николаевича (1902-1979) и Елены Ивановны (1905-1991) Кондратьевых. Родители работали в Ленинградском политехническом институте им. М. И. Калинина (ЛПИ; ныне Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого). Отец - физикохимик, академик АН СССР (1953).
В 1941-1943 гг. Марина Кондратьева с родителями проживала в Казани, куда был эвакуирован ЛПИ. Танцевала в составе самодеятельной бригады, выступавшей перед ранеными в госпиталях.
В октябре 1943 г. по рекомендации народной артистки РСФСР балетмейстера Агриппины Вагановой была принята в Московское хореографическое училище (ныне Московская государственная академия хореографии). Окончила его в 1952 г., выпускница балетного класса Галины Петровой. В 1980 г. Марина Кондратьева получила диплом Государственного института театрального искусства им. А. В. Луначарского (ныне Российский институт театрального искусства - ГИТИС).
В 1952-1980 гг. - солистка балетной труппы Государственного академического Большого театра. Совершенствовала мастерство под руководством Марины Семеновой. Среди исполненных ей партий были: Золушка в одноименном балете Сергея Прокофьева, Мария в "Бахчисарайском фонтане" Бориса Асафьева, Гаянэ в одноименном балете Арама Хачатуряна, Джульетта в "Ромео и Джульетте" Сергея Прокофьева, Водяница в "Коньке-Горбунке" Родиона Щедрина, Жизель в одноименном балете Адольфа Адана, Одетта-Одиллия в "Лебедином озере" Петра Чайковского, Ширин в "Легенде о любви" Арифа Меликова, Эола в "Икаре" Сергея Слонимского, Фригия в "Спартаке" Арама Хачатуряна и др.
С 1980 г. по н. в. Марина Кондратьева является балетмейстером-репетитором Большого театра. Среди ее учениц - балерины Галина Степаненко, Надежда Грачева, Наталья Осипова, Анна Тихомирова, Нелли Кобахидзе.
С 1988 г. выступает как балетмейстер-постановщик. Перенесла на сцены зарубежных театров балеты: "Спящая красавица" Петра Чайковского (хореография Мариуса Петипа, Королевский балет Новой Зеландии, Веллингтон), "Дон Кихот" Людвига Минкуса (хореография Александра Горского, Корейский национальный балет, Сеул), "Корсар" Адольфа Адана (хореография Мариуса Петипа в редакции Петра Гусева, Центральный балет Китая) и др.
В 1980-1987 гг. преподавала в Государственном институте театрального искусства им. А. В. Луначарского, в 1990-2000 гг. - в Московской государственной академии хореографии. Профессор (1999).
Марина Кондратьева проводила мастер-классы в разных странах мира, преподавала в балетной школе-студии г. Мацуяма (Япония).
Народная артистка СССР (1976).
Награждена орденами "Знак Почета" (1959) и Почета (2001).
Лауреат V Всемирного фестиваля молодежи и студентов (Варшава, Польша, 1955), премии "Золотая маска" в почетной номинации "За выдающийся вклад в развитие театрального искусства" (вручение состоится в 2023 г.).
Жизни и карьере балерины посвящены документальные фильмы "Это бесконечное фуэте" (2002, режиссер Эмма Агаджанян) и "Имя музы - Марина" (2009, Никита Тихонов).