Родился 22 декабря 1947 г. в городе Трухильо департамента Колон в Гондурасе.
В 1970 году окончил Университет Майами (США) по специальности "администрирование предприятий". Учился также в Университете дружбы народов в Москве.
С 1990 г. - депутат Национального конгресса (парламента) Гондураса, в 2002-2006 гг. возглавлял высший законодательный орган страны.
В 2005 г. впервые баллотировался на пост президента от Национальной партии Гондураса (НПГ), одной из старейших влиятельных партий страны, но выборы проиграл.
29 ноября 2009 г. избран президентом Гондураса. Являлся главой государства с 27 января 2010 г. по 27 января 2014 г.
Женат на Росе Элене Бонилье де Лобо. Отец троих детей (один из сыновей убит 14 июля 2022 г. неизвестными лицами).
Супруга экс-президента была задержана в конце февраля 2018 г.. Прокуратура Гондураса обвинила ее в присвоении более 700 тыс. долларов, которые предназначались для реализации различных социальных программ. 20 августа 2019 г. Роса Элена Бонилья была признана Верховным судом страны виновной в коррупции. Бонилью "единогласно обвинили в восьми случаях мошенничества и трех случаях хищения". 4 сентября суд приговорил ее к 58 годам лишения свободы.