Родился 5 февраля 1951 г. в с. Новые Верхиссы Инсарского района Мордовской АССР (ныне - Республика Мордовия).
В 1973 г. с отличием окончил Мордовский государственный университет им. Н. П. Огарева (ныне - Национальный исследовательский Мордовский государственный университет им. Н. П. Огарева) по специальности "инженер электронной техники".
В 1968 г. работал комбайнером колхоза им. XXI съезда КПСС Инсарского района Мордовии.
Во время учебы в вузе был старостой группы, начальником штаба молодежного движения "Комсомольского прожектора". После пятого курса остался в университете на освобожденной должности секретаря комсомольской организации.
В 1977 г. назначен секретарем, в 1979 г. - вторым секретарем, а в 1982 г. - первым секретарем Мордовского областного комитета Всесоюзного ленинского коммунистического союза молодежи. С 1986 г. занимал пост первого секретаря Теньгушевского районного комитета КПСС, с 1990 г. возглавлял районный Совет народных депутатов. Одновременно в 1990 г. был избран вторым секретарем Мордовского республиканского комитета Коммунистической партии РСФСР.
Избирался депутатом Верховного совета (ВС) Мордовии XI (1985-1990) и XII (1990-1995) созывов. В октябре 1990 г. баллотировался на пост председателя республиканского Верховного совета, однако проиграл выборы Николаю Бирюкову.
В 1991-1993 гг. возглавлял Фонд государственного имущества Мордовской АССР, который занимался приватизацией госимущества республики. Одновременно в 1993 г. являлся сопредседателем Мордовского экономического союза, объединяющего руководителей предприятий и финансовых учреждений республики.
В 1993 г. вошел в совет республиканского отделения Аграрной партии России.
14 декабря 1991 г. Николай Меркушкин принял участие в первых выборах президента Мордовии. Занял пятое место среди восьми кандидатов, во второй тур голосования не прошел. Главой республики 22 декабря того же года был избран лидер местной организации "Демократическая Россия" Василий Гуслянников (56%). Позднее, в апреле 1993 г., институт президентства в Мордовии был упразднен решением республиканского ВС.
В 1993 г. баллотировался в Совет Федерации Федерального собрания РФ I созыва по Мордовскому двухмандатному избирательному округу №13. По итогам выборов 12 декабря 1993 г. в верхнюю палату парламента не прошел, заняв 3-е место из 12.
В ноябре 1994 г. был избран депутатом Государственного собрания Мордовии I созыва по Теньгушевскому избирательному округу №37.
24 января 1995 г. возглавил Госсобрание республики ("за" – 49 депутатов из 71). Одновременно руководил комиссией по работе над новым проектом конституции Мордовии.
22 сентября 1995 г. избран главой Мордовии Конституционным собранием республики (выборы проводились на безальтернативной основе). Возглавлял республику почти 17 лет - до мая 2012 г., дважды был переизбран и дважды наделен полномочиями главы Мордовии. На выборах 15 февраля 1998 г. набрал 90,85% голосов. Его единственный соперник, глава Саранского комбината макаронных изделий Анатолий Шаров, получил 3,13%. 16 февраля 2003 г. Меркушкин, которого выдвинул избирательный блок "За Мордовию", получил по итогам голосования 87,34%. Его ближайшего конкурента - директора Саранского приборостроительного завода, коммуниста Анатолия Чубукова - поддержали 7,01% избирателей. 10 ноября 2005 г. и 7 октября 2010 г. Николай Меркушкин был наделен полномочиями главы региона Государственным собранием Мордовии по представлению президента РФ.
Одновременно в 1996-2001 гг. был членом Совета Федерации Федерального собрания РФ (по должности), занимал пост заместителя председателя комитета по вопросам экономической политики. В 1996-1997 гг. возглавлял Мандатную комиссию СФ, а после ее реформирования в 1997 г. - комиссию по регламенту и парламентским процедурам.
С апреля 1997 г. Николай Меркушкин входил в Комиссию при президенте РФ по взаимодействию федеральных органов исполнительной власти и органов государственной власти субъектов РФ при проведении конституционно-правовой реформы в субъектах РФ.
В 1999 г. стал членом движения "Отечество" Юрия Лужкова, затем - избирательного блока "Отечество - Вся Россия" (ОВР; глава - Евгений Примаков). В декабре 1999 г. участвовал в выборах в Государственную думу РФ III созыва по общефедеральному списку ОВР, после выборов отказался от депутатского мандата.
10 мая 2012 г. президент РФ Владимир Путин подписал указ о досрочном прекращении полномочий Николая Меркушкина на посту главы Мордовии и назначил его временно исполняющим обязанности губернатора Самарской области. 12 мая того же года по представлению президента РФ Самарская губернская дума утвердила Меркушкина в должности главы региона. Он сменил на этом посту Владимира Артякова.
6 июня 2014 г. президент РФ Владимир Путин принял досрочную отставку Николая Меркушкина и назначил его временно исполняющим обязанности главы Самарской области.
14 сентября 2014 г. был избран губернатором Самарской области, набрав 91,35% голосов избирателей. Второе место занял кандидат от КПРФ Михаил Матвеев (3,95%). Инаугурация состоялась 23 сентября того же года.
В рейтинге эффективности глав российских регионов, опубликованном Фондом развития гражданского общества в июне 2016 г., входил во вторую группу руководителей субъектов РФ ("высокий рейтинг"). Набрал 65 баллов и занял 38-е место.
25 сентября 2017 г. президент России Владимир Путин принял отставку Николая Меркушкина с поста губернатора Самарской области и назначил его специальным представителем президента РФ по взаимодействию со Всемирным конгрессом финно-угорских народов. Врио главы региона стал Дмитрий Азаров, председатель комитета Совета Федерации РФ по федеративному устройству, региональной политике, местному самоуправлению и делам Севера.
Член партии "Единая Россия" с 2003 г.
Занимал должность президента Ассоциации экономического взаимодействия республик и областей Поволжья "Большая Волга" (1998-2003).
Общая сумма декларированного дохода за 2015 г. составила 4 млн 663 тыс. руб., супруги - 414 тыс. 166 руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2016 г. составила 4 млн 284 тыс. руб., супруги - 498 тыс. руб.
Награжден орденами Трудового Красного Знамени (1986), Дружбы народов (1981), "За заслуги перед Отечеством" III и IV степеней (2009, 2000), Александра Невского (2017), медалями.
Имеет ордена Русской православной церкви: благоверного князя Даниила Московского II степени (1996), Святого равноапостольного великого князя Владимира II степени (2000), преподобного Сергия Радонежского I и II степеней (2006, 2002).
Почетный работник агропромышленного комплекса России (2010). Почетный гражданин Республики Мордовия (2012).
