Родился 31 января 1947 г. в с. Большие Кокузы Апастовского района Татарской АССР (ныне Республика Татарстан).
В 1970 г. окончил Казанский авиационный институт (ныне Казанский национальный исследовательский технический университет имени А. Н. Туполева), в 1983 г. - вечернее отделение Московского государственного педагогического института иностранных языков им. Мориса Тореза (ныне Московский государственный лингвистический университет), в 1990 г. - Дипломатическую академию МИД СССР.
Доктор политических наук. В 1998 г. в Дипломатической академии защитил диссертацию на тему "Ислам в политической жизни России".
С 1970 г. работал на различных инженерных и руководящих должностях в Центральном аэрогидродинамическом институте им. Н. Е. Жуковского.
В 1977-1987 гг. - референт, старший референт, заведующий отделом, заместитель председателя Комитета молодежных организаций СССР.
С 1990 г. - на дипломатической службе. Был первым секретарем, советником, заведующим отделом, заместителем, первым заместителем начальника управления МИД СССР/РФ.
В 1993-1995 гг. - первый заместитель директора департамента по связям с субъектами Федерации, парламентом и общественно-политическими организациями МИД России.
В 1995-1999 гг. - заместитель премьер-министра Республики Татарстан - полномочный представитель республики при президенте РФ.
С 5 мая 1999 г. по 23 июня 2003 г. - начальник департамента по связям с Федеральным собранием, общественными организациями и религиозными объединениями Аппарата правительства РФ.
С 17 июня 2003 г. по 17 октября 2008 г. - чрезвычайный и полномочный посол России в Республике Узбекистан.
С 17 октября 2008 г. по 5 марта 2012 г. - руководитель Федерального агентства по делам Содружества Независимых Государств, соотечественников, проживающих за рубежом и по международному гуманитарному сотрудничеству (Россотрудничество). Стал первым главой агентства, в 2012 г. на этом посту его сменил Константин Косачев.
С 20 ноября 2008 г. по 5 марта 2012 г. - специальный представитель президента РФ по связям с государствами - участниками СНГ.
С 5 апреля 2012 г. по 2 июля 2018 г. был чрезвычайным и полномочным послом РФ в Республике Молдова.
С сентября 2018 г. - член Совета Федерации РФ (сенатор) - представитель от исполнительного органа власти Самарской области. 17 сентября 2018 г. избранный губернатор Самарской области Дмитрий Азаров назначил Фарита Мухаметшина представителем от администрации региона в Совете Федерации РФ, 26 сентября того же года верхняя палата парламента подтвердила его полномочия сенатора. 25 сентября 2023 г. губернатор области Дмитрий Азаров вновь наделил Фарита Мухаметшина полномочиями сенатора (с 26 сентября 203 г.).
С октября 2018 г. – заместитель председателя комитета СФ по международным делам.
Чрезвычайный и полномочный посол (2007).
Награжден орденами Дружбы народов (1986), Дружбы (1997), Почета (1998), "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2012), Александра Невского (2017), "Дустлик" (2007, Узбекистан). Имеет благодарность президента РФ (2002), Почетную грамоту президента РФ (2023), Почетную грамоту (2000) и благодарность правительства РФ (2001).
Награжден также орденами Русской православной церкви Святого благоверного князя Даниила Московского II степени и Православной церкви Молдовы - орденом Признательности (2017).
Владеет английским языком.