Родился 14 сентября 1978 г. в Красноярске.
В 2000 г. окончил фармацевтический факультет Московской медицинской академии (ныне Первого Московского государственного медицинского университета) им. И. М. Сеченова. В 2009 г. завершил обучение в Академии народного хозяйства при правительстве РФ (ныне Российская академия народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ) по программе профессиональной переподготовки "Евро-менеджмент: управление развитием бизнеса". В 2013-2015 гг. прошел обучение в Московской школе управления "Сколково" Executive MBA.
В студенческие годы работал стажером-исследователем в Научном центре экспертизы и государственного контроля лекарственных средств Минздрава РФ.
После окончания вуза основал и возглавил аптечный холдинг " Нео-фарм".
В 2005-2006 гг. занимал должность начальника отдела лицензирования, надзора и контроля за медицинской и фармацевтической деятельностью управления Росздравнадзора по г. Москве и Московской области.
В 2006 г. вернулся к управлению компанией "Нео-фарм" (аптечные сети "Столички" и "Неофарм").
В 2010 г. был избран членом координационного совета Российской ассоциации аптечных сетей (РААС). С 2015 г. - председатель координационного совета РААС.
В 2011 г. был включен в резерв управленческих кадров, находящихся под патронажем президента РФ.
8 сентября 2019 г. баллотировался как самовыдвиженец в Московскую городскую думу VII созыва по одномандатному округу №11. По итогам голосования с результатом 33,72% занял второе место из четырех кандидатов. В округе победил кандидат КПРФ Николай Зубрилин (43,72%).
С сентября 2019 г. - член Общественной палаты г. Москвы.
В июне 2020 г. был избран членом Общественной палаты РФ VII созыва. Являлся первым заместителем председателя комиссии по развитию экономики и корпоративной социальной ответственности.
В ноябре 2020 г. стал победителем финала общероссийского конкурса "Лидеры России. Политика".
С 2021 г. – депутат Государственной думы РФ VIII созыва. 19 сентября 2021 г. избран по Орехово-Борисовскому одномандатному округу №203 от партии "Единая Россия". Набрал 38,58% голосов избирателей, его ближайший соперник – кандидат от КПРФ Василий Петров – 19,43%. В Госдуме Евгений Нифантьев входит во фракцию единороссов, является членом комитета по промышленности и торговле.
Сопредседатель комитета по развитию фармацевтической отрасли общероссийской общественной организации "Деловая Россия". Сопредседатель регионального штаба "Общероссийского народного фронта" в Москве.
Награжден медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2020).