Родился 24 июня 1982 г. в Казани Татарской АССР (ныне - Республика Татарстан).
В 2004 г. окончил экономический факультет Казанского государственного университета (КГУ; ныне – Поволжский федеральный университет).
Кандидат экономических наук. В 2011 г. в Казанском национальном исследовательском технологическом университете защитил диссертацию на тему "Инновационная модель управления информационными потоками в сфере оказания государственных электронных услуг: на примере Республики Татарстан".
По словам Николая Никифорова, он начал заниматься интернет-технологиями еще в старших классах средней школы. В 1997 г. вместе с одноклассниками проложил в учебном заведении локальную сеть, "закупил оптом у провайдеров трафик и стал продавать его школьникам". Во время учебы при поддержке международной общественной организации Junior Achievement Russia ("Достижения молодых") посетил несколько международных конференций, посвященных интернет-технологиям.
С 1999 по 2006 г. работал лаборантом, а затем младшим научным сотрудником Научно-исследовательского института математики и механики имени Н.Г. Чеботарева при КГУ.
В 1999 г. вместе с Тимуром Якубовым (программист, ныне - предприниматель в сфере информационных технологий) создал информационно-развлекательный портал e-kazan.ru ("Казанский портал").
В 2001-2005 гг. – заместитель генерального директора компании "Казанский портал" Тимура Якубова.
С 2004 г. по 2005 г. - заместитель генерального директора ОАО "Современные интернет технологии" (компания была создана по инициативе правительства Татарстана, разрабатывала сайты правительства и ведомств республики).
С августа 2005 г. являлся советником премьер-министра Республики Татарстан Рустама Минниханова по информационным технологиям.
С мая 2006 г. по апрель 2010 г. - генеральный директор Центра информационных технологий Республики Татарстан, занимался внедрением интернет-портала государственных и муниципальных услуг республики.
С апреля 2010 г. по май 2012 г. занимал должность заместителя премьер-министра - министра информатизации и связи Татарстана. Главой кабинета в этот период был Ильдар Халиков.
В феврале 2012 г. вошел в состав рабочей группы по подготовке предложений по формированию в РФ системы "Открытое правительство".
С 21 мая 2012 г. по 18 мая 2018 г. - министр связи и массовых коммуникаций РФ в правительстве Дмитрия Медведева. Сменил на этом посту Игоря Щёголева.
После ухода из правительства занимается предпринимательской деятельностью. Является собственником нескольких технологических компании в г. Иннополисе (Татарстан). Совместно с ООО "Развитие Иннополиса" (финансовые услуги) и "Дигинавис" (разработка программного обеспечения) госкорпорация Ростех создала совместное предприятие "Центр организации движения беспилотных транспортных средств".
С 2018 г. Николай Никифоров является членом совета директоров ПАО "Ростелеком".
Был членом Совета при президенте РФ по модернизации экономики и инновационному развитию (2012-2018), председателем Государственной комиссии по радиочастотам (2012-2018).
Был членом наблюдательного совета ПАО "Почта Банк" (2016-2018).
Общая сумма декларированного дохода за 2013 г. составила 3 млн 566 тыс. 060,47 руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2014 г. составила 4 млн 939 тыс. руб., супруги – 7 млн 351 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2015 г. составила 5 млн 788 тыс. руб., супруги – 28 млн 603 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2016 г. составила 5 млн 801 тыс. руб., супруги – 48 млн 594 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2017 г. составила 5 млн 837 тыс. руб., супруги – 63 млн руб.
Отмечен двумя благодарностями президента РФ (2012, 2016).
Владеет английским языком.