В 1991 г. окончила Московский химико-технологический институт им. Д. И. Менделеева (ныне - Российский химико-технологический университет).
Кандидат экономических наук. В 2006 г. в Московской международной высшей школе бизнеса защитила диссертацию на тему "Управление доступом российских товаров на рынки зарубежных государств в современных условиях".
С мая 1999 г. была ведущим специалистом отдела урегулирования торговых споров департамента государственного регулирования внешнеэкономической деятельности Министерства торговли РФ. В 2000-2002 гг. была главным специалистом, советником в различных департаментах Министерства экономического развития и торговли РФ.
В 2002-2004 гг. Вероника Никишина работала заместителем начальника отдела департамента торговой политики и многосторонних торговых переговоров Минэкономразвития и торговли РФ. С мая 2004 г. по июль 2008 г. руководила различными отделами в департаменте торговых переговоров, затем занимала эту же должность в Министерстве экономического развития РФ. В 2009-2011 гг. была заместителем директора департамента.
В 2011-2015 гг. в Минэкономразвития РФ возглавляла департаменты стран Америки, развития и регулирования внешнеэкономической деятельности. Ведомством в эти годы руководили Эльвира Набиуллина, Андрей Белоусов и Алексей Улюкаев.
С января 2015 г. по февраль 2016 г. занимала должность помощника первого вице-премьера правительства РФ Игоря Шувалова.
1 февраля 2016 г. была назначена членом коллегии (министром) по торговле Евразийской экономической комиссии.
С 10 февраля 2020 г. - гендиректор АО "Российский экспортный центр" (РЭЦ), сменит на этом посту Андрея Слепнева.
Действительный государственный советник РФ II класса (2014).
Отмечена благодарностью президента РФ (2012).
Замужем.