Родился 19 февраля 1940 г. в селении Кипчак Ашхабадской области Туркменской ССР (ныне в составе Ашхабада, Туркменистан). Отец - Атамурат Ниязов, учитель, погиб на фронте в 1942 г. Мать - Гурбансолтан Атамурадова, швея, и двое братьев погибли в 1948 г. во время Ашхабадского землетрясения. Сапармурат Ниязов воспитывался в ашхабадском интернате при средней школе №20, затем - в семьях дальних родственников. По окончании семи классов был зачислен в республиканский детский дом им. А. П. Чехова (Ашхабад).
В 1957 г. по направлению Совета министров Туркменской ССР вне конкурса поступил в Московский энергетический институт, по окончании первого семестра был отчислен. В 1967 г. окончил вечернее отделение Ленинградского политехнического института им. М. И. Калинина (ныне - Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого) по специальности "инженер-энергетик", в 1976 г. - Высшую партийную школу при ЦК КПСС в Ташкенте (заочно).
Доктор политических и экономических наук (1993; "за разработку и практическую реализацию концепции перехода к рыночной экономике в новых политических и экономических условиях"). Действительный член Академии наук Туркменистана (1993).
В 1959-1960 гг. работал инструктором Туркменского территориального комитета профсоюза рабочих и служащих геолого-разведочных работ.
В начале 1960-х гг. переехал в Ленинград.
В 1962 г. вступил в Коммунистическую партию Советского Союза (КПСС).
С 1965 по 1967 г. был формовщиком на ленинградском Кировском заводе, мастером турбинного цеха предприятия "Ленэнергоремонт".
По окончании Ленинградского политехнического института вернулся в Туркмению.
В 1967-1970 гг. - мастер, старший мастер цеха Безмеинской ГРЭС им. В. И. Ленина (Ашхабадская область).
С начала 1970-х гг. находился на партийной работе. В 1970-1980 гг. был инструктором промышленно-транспортного отдела, заместителем заведующего, заведующим отделом промышленности ЦК Компартии Туркменистана. С 1980 по 1984 г. - первый секретарь Ашхабадского горкома партии.
Делегат XXVI съезда КПСС (1981), кандидат в члены бюро ЦК Компартии Туркмении.
В конце 1983 г. был переведен в Москву, где в 1984-1985 гг. был инструктором Отдела организационно-партийной работы ЦК КПСС.
В 1985 г. после возвращения в Туркменистан был назначен председателем Совета министров Туркменской ССР.
Член бюро ЦК Компартии Туркмении (1985), депутат Верховного Совета (ВС) СССР XI созыва (1985-1989).
С 1985 по 1991 г. занимал пост первого секретаря ЦК Компартии Туркменской ССР.
В 1986-1991 гг. - член ЦК КПСС, в 1990-1991 гг. - член Политбюро ЦК КПСС.
В 1989-1991 гг. - народный депутат СССР (избран по Ашхабадскому сельскому территориальному округу), в 1989-1990 гг. - член Верховного Совета СССР.
В январе – ноябре 1990 г. - председатель Верховного совета Туркменской ССР.
В июле 1990 г. избран членом политбюро ЦК КПСС.
11 октября 1990 г. решением третьей сессии ВС Туркменской ССР в республике была установлена президентская форма правления. 27 октября 1990 г. на первых всенародных президентских выборах, которые проходили на безальтернативной основе, Сапармурат Ниязов был избран президентом Туркмении (за - 98,3% избирателей). В 1991 г. он также возглавил кабинет министров республики.
В августе 1991 г., после провала попытки госпереворота, организованного членами ГКЧП, Сапармурат Ниязов заявил об отделении Компартии Туркмении от КПСС. В декабре того же года на базе компартии была учреждена Демократическая партия Туркменистана, которую возглавил Ниязов.
В октябре 1991 г. Туркменская ССР была переименована в Республику Туркменистан, в мае 1992 г. принята новая конституция республики.
На внеочередных президентских выборах 21 июня 1992 г. Сапармурат Ниязов вновь был избран на высший государственный пост (этот срок стал считаться первым в соответствии с конституцией 1992 г.). Выборы прошли на безальтернативной основе, кандидатуру Ниязова поддержали 99,5% избирателей при явке 99,8%. После выборов он вновь возглавил кабинет министров республики.
Очередные президентские выборы должны были состояться в 1997 г., однако в 1993 г. Демократическая партия Туркменистана выступила с инициативой продлить полномочия Ниязова до 2002 г. 15 января 1994 г. на всенародном референдуме 99,9% избирателей поддержали это предложение.
В декабре 1995 г. по инициативе Ниязова был провозглашен нейтральный статус Туркменистана.
28 декабря 1999 г. парламент страны предоставил Сапармурату Ниязову особые полномочия находиться на посту президента без ограничения срока и самому решать, когда проводить очередные президентские выборы. 8 августа 2002 г. высший представительный орган республики - Народный совет (Халк маслахаты) - принял решение сделать президентский срок Ниязова пожизненным. Однако Сапармурат Ниязов не поддержал это решение, заявив, что президентские выборы должны состояться после 2008 г.
Являлся президентом Гуманитарной ассоциации туркмен мира, председателем Народного совета Туркменистана, председателем Национального олимпийского комитета.
В годы правления Ниязова Туркмения считалась одной из самых закрытых стран мира с авторитарным правлением и культом личности, с многочисленными нарушениями демократических свобод и политическими репрессиями. В стране были запрещены оппозиционные партии, Интернет, введены цензура, слежка за гражданами и иностранцами и др. В честь президента и его родственников были названы города, улицы, школы и пр., а также календарные месяцы (январь - туркменбаши, апрель - гурбансолтан в честь матери президента). По всей стране было установлено около 15 тыс. памятников и бюстов Туркменбаши, в Ашхабаде сооружена позолоченная статуя Ниязова. Объектом культа стал написанный им труд "Рухнама", обязательный для изучения в школах.
В 1993 г. Меджлис (парламент) республики присвоил Сапармурату Ниязову почетный титул - Туркменбаши ("глава туркмен"). В 1999 г. Халк маслахаты (Народный совет) приравнял его к пророкам. Сапармурат Ниязов пять раз удостаивался звания "Герой Туркменистана" с вручением золотой медали "Алтын Ай" (1992, 1995, 1998, 2000, 2001), в 1999 и 2004 гг. от присвоения звания отказался.
Награжден орденом Дружбы Народов (СССР, 1981), туркменскими орденами "Галкыныш" ("Возрождение", 1997), "Битараплык" ("Нейтралитет", 1998), "Рухубилент" ("Сильный духом", 2002), "Рухнама" ("Духовность", 2004), а также многими иностранными орденами и медалями.
Имел воинское звание генерал армии.
Автор книг "Рухнама" (до 2013 г. изучалась в школах как отдельный предмет), "Менин несилхатларым" ("Мои заветы"), четырех сборников стихов.
Сапармурат Ниязов скоропостижно скончался в ночь на 21 декабря 2006 г. от острой сердечной недостаточности. 24 декабря был похоронен в родовом селении Кипчак в мавзолее мечети Туркменбаши Рухы ("Духовность Туркменбаши") рядом с родителями и двумя братьями.
Был женат, имел сына и дочь. Супруга – Муза Алексеевна (род. 1938; в девичестве – Мельникова). Сын – Мурад (род. 1967), по образованию юрист, занимается бизнесом, дочь – Ирина (род. 1969), окончила физико-математический факультет МГУ им. Ломоносова.