Родился 18 августа 1935 г. в дер.Окангхуди (район Охангвена, Намибия) в крестьянской семье. Отец - Похамба Хамукото, мать - Каупумхоте Нгхитууамата. В детстве ему приходилось пахать землю, заниматься скотоводством. Принадлежит к племени овамбо.
Образование получил в английской миссионерской школе в Онамунаме (Holy Cross Mission School). В 1981 г. защитил диплом в Российском Университете Дружбы Народов (РУДН).
До 1959 г. работал на рудниках в городе Цумеб.
В 1950-х г. вступил в Народный конгресс Овамболенда — политическую партию коренного населения, ставившую целью борьбу за независимость страны. В 1959 г. конгресс был переименован в Народную организацию Овамболенда (НОО). В 1960 г. Похамба вошел в состав отколовшейся от НОО и сформировавшейся как самостоятельное национально-освободительное движение Народной организации Юго-Западной Африки (СВАПО).
За политическую деятельность неоднократно арестовывался, провел почти два года в тюрьме. В 1966 г. был арестован и выслан в Замбию, где открыл представительство СВАПО. В 1970-е гг. был заместителем главы представительства СВАПО в Восточной и Северной Африке.
С 1970 г. — член ЦК СВАПО, с 1976 г. — член Политбюро ЦК партии, в 1977-1989 гг. — секретарь ЦК СВАПО по финансовым вопросам. Также был национальным казначеем и председателем Комитета по репатриации партии.
В 1989 г. были отменены расистские законы, объявлена амнистия политзаключенным. Руководство СВАПО возвратилось в Намибию. В том же году Похамба был избран в Учредительную ассамблею, преобразованную в 1990 г. в Национальную ассамблею, нижнюю палату парламента страны.
С 1990 г. — министр внутренних дел, с 1995 г. — министр рыболовства и морских ресурсов, 1997 - 2000 гг. — министр без портфеля. 2001-2004 гг. — министр земель, по вопросам расселения и социальной адаптации.
1997 - 2002 гг. — генеральный секретарь СВАПО, с 2002 г. — вице-президент партии.
В мае 2004 г. на съезде СВАПО был избран единственным кандидатом партии на пост президента. На выборах 15-16 ноября 2004 г. избран президентом страны, набрав 76,3% голосов избирателей. Приступил к исполнению обязанностей 21 марта 2005 г.
В ноябре 2007 г. на 4-м съезде партии избран президентом СВАПО.
27-28 ноября 2009 г. переизбран на пост президента, набрал 75% голосов избирателей. После избрания в 2014 г. на пост президента Хаге Гейнгоба, 21 марта 2015 г. официально передал ему полномочия и вышел в отставку.
С августа 2010 г. по август 2011 г. — председатель Сообщества развития Юга Африки.
17-18 августа 2012 г. на саммите Сообщества развития Юга Африки избран заместителем председателя Комитета по координации действий в области политики, обороны и безопасности.
Главнокомандующий вооруженными силами Намибии.
Владеет английским языком.
Жена -Пенехупифо Похамба (Penehupifo Pohamba).
Имеет троих детей, одного сына и двоих дочерей:Каупу (Kaupu), Ндапандула(Ndapandula), Тулонджени (Tulongeni).