Родился 11 сентября 1978 г. во Владивостоке.
В 2000 г. окончил факультет журналистики Дальневосточного государственного университета (в 2011 г. путем объединения с рядом других вузов преобразован в Дальневосточный федеральный университет; Владивосток). В студенческие годы работал корреспондентом информационной программы на местном телевидении.
Получив высшее образование, стал корреспондентом программы "Вести" (телеканал РТР, впоследствии "Россия", ныне "Россия-1") во Владивостоке и Приморском крае.
С 2002 г. работал в Москве, с 2003 г. - в украинском корпункте телеканала "Россия".
В 2006 г. Евгений Попов вернулся в Москву, стал политическим обозревателем телепередачи "Вести недели".
С 2008 по 2013 г. - руководитель бюро программы "Вести" в Нью-Йорке (США).
С 2013 г. работал в Москве политическим обозревателем "Вестей", также в качестве репортера освещал события на Украине для программы "Специальный корреспондент".
С сентября 2016 г. по н. в. Евгений Попов ведет на "России-1" политическое ток-шоу "60 минут" (совместно с супругой Ольгой Скабеевой).
Автор ряда документальных фильмов. В их числе: "Телемайдан", "Блокада. Славянск", "Киевская сечь", "Медиаграмотность".
С 2021 г. - депутат Государственной думы РФ VIII созыва от "Единой России". Был избран 19 сентября 2021 г. по Кунцевскому одномандатному избирательному округу №197 (Москва). Набрал 35,17% голосов (второе место в округе занял Михаил Лобанов от КПРФ, 31,65%). Член фракции "Единая Россия".
С 12 октября 2021 г. - заместитель председателя комитета Госдумы РФ по информационной политике, информационным технологиям и связи.
С ноября 2021 г. - заместитель сопредседателя Межпарламентской группы РФ.
С января 2022 г. - координатор группы по связям Госдумы РФ с Верховной радой Украины.
Обладатель премии ТЭФИ в категории "Ведущий общественно-политического ток-шоу прайм-тайма" (2017, 2018, совм. с Ольгой Скабеевой).
Лауреат премии правительства РФ в области СМИ за 2023 г.
Супруга - журналистка, телеведущая Ольга Скабеева.