Родилась 26 августа 1961 г. в д. Нижние Лемезы Иглинского района Башкирской АССР (ныне – Республика Башкортостан).
В 1985 г. с отличием окончила Башкирский государственный университет им. 40-летия Октября (БГУ; с 1992 г. – Башкирский государственный университет) по специальности "русский язык и литература".
В 1991 г. в БГУ защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата философских наук на тему "Роль морали в формировании атеистических взглядов личности", в 2000 г. там же – докторскую диссертацию на тему "Традиция башкирского этноса как социокультурное явление: Философский анализ". Профессор.
С 1985 г. по 2004 гг. работала в БГУ. Прошла путь от лаборанта до заведующей кафедры этики, эстетики и культурологии (ЮНЕСКО) факультета философии и социологии университета.
В 2004-2006 гг. - министр образования Республики Башкортостан.
В 2006-2010 гг. вновь возглавляла кафедру этики, эстетики и культурологии (ЮНЕСКО) факультета философии и социологии БГУ.
В 2010-2011 гг. занимала должность заместителя премьер-министра правительства Башкирии.
С 2011 г. - член Всероссийской политической партии "Единая Россия".
В 2011-2016 гг. – депутат Государственной думы РФ VI созыва. Избрана 4 декабря 2011 г. по списку "Единой России" (третий номер в региональной группе №3, Республика Башкортостан). Занимала пост заместителя председателя комитета ГД по культуре, входила во фракцию "Единой России".
В 2016 г. баллотировалась в Госдуму от партии "Единая Россия" по Республике Башкортостан. В мае того же года стала победителем предварительного внутрипартийного голосования (праймериз) по одномандатному округу №5 (51,27% голосов). По списку партии (Башкирия) заняла четвертое место (32,01%).
В 2016-2021 гг. - депутат Госдумы РФ VII созыва. 18 сентября 2016 г. Зугура Рахматуллина была избрана от партии "Единая Россия" по Белорецкому одномандатному избирательному округу №5 (Республика Башкортостан). Набрала 43,8% голосов, ее ближайший соперник от ЛДПР Иван Сухарев – 20,22%. Вошла в состав фракции "Единой России".
Действительный член Российской академии естественных наук (2006 ).
Награждена медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2016).
Автор печатных работ, в т. ч. монографий и учебных пособий. Среди них "Уроки этикета" (2003), "Социальные аспекты ислама: развитие просвещения и гражданской активности народов Поволжья и Приуралья" (2004), "Право на духовность: философский очерк" (2011) и др.