Родился 13 октября 1963 г. в селе Ушарал Таласского района Джамбульской области Казахской ССР (ныне Жамбылская обл. Республики Казахстан). Отец - Абдир Сагинтаев, участник Великой Отечественной войны, Герой Социалистического труда, директор Таласского племенного овцеводческого совхоза, депутат Верховного совета СССР VI созыва.
В 1985 г. окончил Казахский государственный университет имени С.М. Кирова (ныне - Казахский национальный университет имени аль-Фараби).
Кандидат экономических наук. В 1990 г. защитил диссертацию на тему "Уровень и условия жизни городского и сельского населения".
После окончания университета в 1985-1988 гг. преподавал на кафедре политэкономии Алма-Атинского института народного хозяйства (ныне - университет Нархоз).
В 1988-1992 гг. работал в Казахском государственном университете ассистентом, старшим преподавателем, доцентом кафедры социологии.
С 1992 по 1998 г. Бакытжан Сагинтаев занимался предпринимательской деятельностью. Возглавлял туристско-коммерческую фирму "Маруе" (1992-1993), был генеральным директором АО "Казмет" (1993-1997), главным специалистом, заместителем генерального директора ЗАО "ЛУКойлнефтегазстрой-К" (1997-1998).
В 1998-1999 гг. - заместитель акима (главы администрации) Жамбылской области.
С 1999 по 2002 г. занимал должности заместителя председателя Агентства Республики Казахстан по поддержке малого бизнеса, заместителя председателя Агентства по регулированию естественных монополий, защите конкуренции и поддержке малого бизнеса.
В 2002-2004 гг. - первый заместитель председателя Агентства Республики Казахстан по регулированию естественных монополий и защите конкуренции, в 2004-2007 гг. - председатель агентства.
С 2007 по 2008 г. - руководитель канцелярии премьер-министра Казахстана Карима Масимова.
30 сентября 2008 г. был назначен акимом Павлодарской области.
В январе - сентябре 2012 г. занимал пост министра экономического развития и торговли Республики Казахстан в первом правительстве Карима Масимова.
С сентября 2012 г. по январь 2013 г. - первый заместитель Народно-демократической партии "Нур-Отан" (в 2013 г. переименована в партию "Нур-Отан").
16 января 2013 г. был назначен первым заместителем премьер-министра - министром регионального развития Республики Казахстан в правительстве Серика Ахметова.
С 4 апреля 2014 г. занимал пост первого заместителя премьер-министра во втором правительстве Карима Масимова. Был вновь назначен 30 апреля 2015 г., после президентских выборов.
30 июня 2015 г. избран председателем совета директоров АО "НАК "Казатомпром".
8 сентября 2016 г. указом президента Нурсултана Назарбаева Бакытжан Сагинтаев был назначен временно исполняющим обязанности премьер-министра Казахстана. Бывший глава правительства Карим Масимов занял пост председателя Комитета национальной безопасности Казахстана.
9 сентября 2016 г. Нурсултан Назарбаев назначил Бакытжана Сагинтаева новым премьер-министром страны. 21 февраля 2019 г. глава государства отправил правительство Сагинтаева в отставку. Временное исполнение обязанностей премьера было поручено первому заместителю главы правительства Казахстана Аскару Мамину.
С 1 марта по 24 марта 2019 г. - государственный секретарь Республики Казахстан.
24 марта 2019 г. указом главы государства назначен руководителем администрации президента Республики Казахстан. 12 июня 2019 г. вновь назначен на эту должность.
С 28 июня 2019 г. по 31 января 2022 г. - аким г. Алма-Ата.
1 июня 2022 г. решением Высшего Евразийского экономического совета назначен министром по экономике и финансовой политике Евразийской экономической комиссии от Республики Казахстан.
Сагинтаев награжден казахстанскими орденами "Курмет" ("Почета"; 2006) и "Парасат" ("Благородства"; 2013), российским орденом Дружбы (2014), юбилейными медалями.
Автор ряда публикаций на тему государственного регулирования естественных монополий, развития малого и среднего бизнеса.
Женат, имеет двоих дочерей. Жена - Галия Каратаевна Сагинтаева (Турысова), дочь бывшего секретаря ЦК Компартии Казахстана, заместителя главы правительства Казахской СССР, председателя ЦИК республики Каратая Турысова. Дочери Меруерт (род. 1987) и Надира (род. 1992). Обе учились в Англии. Меруерт принадлежит портал Buro24/7 (о моде, кино, музыке и т. д.), ее супруг - Бахыт Ибрагим, входит в число акционеров "Казах банки" (бывший "Сеним-банк").