Родился 7 апреля 1947 г. в гор. Якутске (Якутская АССР РСФСР, ныне Республика Саха (Якутия) в составе РФ) в семье военнослужащих. Окончил среднюю школу в гор. Керчи (Крым), куда впоследствии переехал с родителями.
Образование, научные степени
В 1965 г., решив стать врачом, пытался поступить в Крымский государственный медицинский институт (ныне Медицинская академия им. С. И. Георгиевского в составе Крымского федерального университета им. В. И. Вернадского, г. Симферополь), но не прошел по конкурсу.
Затем в течение года работал матросом на судах Азово-Черноморского бассейна Керченского морского рыболовного порта.
В 1966-1968 гг. проходил срочную военную службу в армии. В это время окончил военно-фельдшерское училище, куда был направлен руководством части.
В 1968 г. поступил и в 1974 г. окончил Военно-медицинскую академию (ВМА) имени С. М. Кирова в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург), получив специальность военного врача.
В 2009 г. получил степень бакалавра по специальности "богословие" в Ташкентской духовной семинарии.
Доктор медицинских наук, профессор (1991). В 1978 г. защитил кандидатскую диссертацию на тему "Пластика дефекта межпредсердной перегородки аутоперикардом", в 1986 г. – докторскую диссертацию на тему "Хирургическое лечение инфекционного эндокардита".
В 1997 г. Юрий Шевченко был избран членом-корреспондентом, в 2000 г. - действительным членом Российской академии медицинских наук (РАМН). С 2013 г. является академиком Российской академии наук (РАН), членом Отделения медицинских наук (секция клинической медицины) РАН.
Врачебная, преподавательская и научная деятельность
После окончания ВМА им. С. М. Кирова служил командиром операционно-перевязочного взвода батальона обеспечения учебного процесса в Красном Селе (город в составе Красносельского района Ленинграда, затем Санкт-Петербурга). С 1974 г. был командиром операционно-перевязочного взвода отдельного медицинского батальона.
В 1975-1977 гг. - старший ординатор, в 1977-1978 г. - клинический ординатор, в 1978-1985 гг. - преподаватель, в 1985-1991 гг. - старший преподаватель 1-й кафедры (хирургии усовершенствования врачей) им. П. А. Куприянова (впоследствии до 2005 г. называлась кафедрой сердечно-сосудистой хирургии им. П. А. Куприянова) ВМА им. С. М. Кирова. Одновременно с 1977 по 1991 г. был начальником отделения сердечно-сосудистой хирургии клиники при кафедре.
В 1991-1999 гг. - начальник кафедры и клиники сердечно-сосудистой хирургии им. П. А. Куприянова ВМА им. С. М. Кирова.
Параллельно с апреля 1992 г. по декабрь 2000 г. занимал должность начальника Военно-медицинской академии им. С. М. Кирова.
В 1992 г. Юрий Шевченко стал представителем Российской Федерации в Международном комитете военной медицины. По его инициативе было создано международное движение "В защиту военных врачей", в Санкт-Петербурге открыт памятник "Военным медикам мира, погибшим в войнах" (1996).
С 1993 г. был главным кардиохирургом Санкт-Петербурга и Ленинградской области, с 1994 г. возглавлял созданный им областной кардиохирургический центр.
В 1995 г. ему было присвоено звание генерал-полковника медицинской службы.
С 5 июля 1999 г. по 9 марта 2004 г. являлся министром здравоохранения РФ. Работал в правительствах Сергея Степашина, Владимира Путина и Михаила Касьянова. До конца 2000 г. совмещал пост министра с должностью начальника ВМА им. С. М. Кирова.
По инициативе Юрия Шевченко в соответствии с приказом Минздрава России от 27 ноября 2000 г. в Москве был образован Государственный медицинский центр (ныне Национальный медико-хирургический центр, НМХЦ, им. Н. И. Пирогова Минздрава РФ). Сначала Шевченко возглавлял его на общественных началах. После ухода из правительства, с 20 марта 2004 г. официально стал президентом и до настоящего времени продолжает занимать этот пост, является научным руководителем НМХЦ им. Н. И. Пирогова.
Одновременно с октября 2000 г. заведовал кафедрой факультетской хирургии в Московской медицинской академии имени И. М. Сеченова (ныне Первый Московский государственный медицинский университет им. И. М. Сеченова).
В 2004-2006 гг. был главным хирургом Минздрава России.
Юрий Шевченко - специалист в области торакальной (госпитальной) хирургии, кардиохирургической анестезиологии и реаниматологии, клинической трансфузиологии и перфузиологии, хирургической инфекции, современной боевой травмы, медицины катастроф, организации и экономики гражданского и военного здравоохранения. Основоположник нового направления в медицине - гнойно-септической кардиохирургии, один из основоположников отечественной кардионеврологии. Разработал пластику дефектов перегородок камер сердца с помощью аутоперикарда, обосновал и внедрил принцип комплексной санации камер сердца. Внедрил в клиническую практику электрофизиологические исследования генеза нарушений ритма и проводимости у пациентов с патологией сердечно-сосудистой системы.
Основатель журналов "Клиническая патофизиология" (с 1995 г. по 2001 г. носил название "Клиническая медицина и патофизиология") и "Вестник Российской Военно-медицинской академии", являлся первым главным редактором этих изданий. Главный редактор научно-практического журнала "Вестник межнационального центра исследования качества жизни".
Опубликовал более 700 научных и учебно-методических работ, в том числе около 30 монографий. Среди них: "Хирургическое лечение заболеваний сердца" (1989), "Хирургическое лечение инфекционного эндокардита" (1995), "Топографическое картирование ЭЭГ в неврологической практике" (1996), "Кардиохирургическая агрессия и головной мозг: церебральная гемодинамика и неврологические исходы операций на сердце" (1997), "Кардиоэмболический инсульт" (1997), "Кардиохирургическая трансфузиология" (2000), "Хирургическое лечение инфекционного эндокардита и основы гнойно-септической кардиохирургии" (2015) и др.
Религиозная деятельность
В 2009 г. окончил Ташкентскую духовную семинарию, в том же году на Украине был рукоположен в священный сан. В 2013 г. по представлению предстоятеля Украинской православной церкви (Московского патриархата) Владимира (Сабодана) принял монашеский постриг с возведением в сан архимандрита.
Служит в основанном им на территории НМХЦ им. Н. И. Пирогова храме святителя Николая Мирликийского.
Является членом Императорского православного Палестинского общества.
Награды, почетные звания
Награжден орденами Почета (2007), "За заслуги перед Отечеством" II (2022) и IV (2017) степеней, Александра Невского (2024).
Лауреат Государственной премии РФ в области науки и техники (2000, за цикл работ "Гнойно-септическая кардиохирургия"), премии РАМН им. Н. А. Семашко (2002).
Имеет ордена РПЦ: Святого благоверного князя Даниила Московского III степени (1998), Преподобного Серафима Саровского III степени (2007).
Заслуженный деятель науки РФ (1996). Заслуженный врач РФ (2003).
Почетный профессор Санкт Петербургского государственного университета, Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова (2008) и др.
В 2000 г. ему было присвоено звание "Почетный гражданин Республики Саха (Якутия)".