Родился 8 июня 1958 г. в д. Кроплево Грязовецкого района Вологодской области.
В 1980 г. окончил Вологодский государственный политехнический институт (ныне – Вологодский государственный университет) по специальности "автоматизация и комплексная механизация в машиностроении".
В 1980-1981 гг. работал на производственном объединении (ПО) "Вологодский оптико-механический завод" помощником мастера.
В 1981-1982 гг. служил в Вооруженных силах СССР.
С января 1983 г. по декабрь 1991 г. работал на ПО "Вологодский оптико-механический завод" старшим механиком, заместителем начальника цеха, начальником сборочного цеха; с 1990 г. - начальник производства завода.
С декабря 1991 г. по июнь 1993 г. – заместитель председателя правления акционерного общества "Торговый дом "Ворота Севера".
С 1993 по 2016 г. - генеральный директор многопрофильной компании "Промышленно-коммерческая корпорация "Русьпромсервис" в Вологде.
По данным "СПАРК-Интефакс", в 2000-2010-х гг. являлся генеральным директором и совладельцем ряда коммерческих фирм в Вологодской области: ООО "Проминвест", ООО "Рэмпарт", ЗАО "Новые технологии", ООО "Свикс", ООО "Северинвест", ООО "Вологодская нефтяная компания".
В 2001 г. возглавлял совет директоров Сокольской мебельной фабрики.
В 2002-2008 гг. был президентом женского баскетбольного клуба "Вологда-Чеваката", где играла его дочь Ульяна.
В 2003-2007 гг. – депутат Законодательного собрания Вологодской области. 7 декабря 2003 г. избран по списку Вологодского регионального отделения партии "Единство и Отечество"- "Единая Россия" (ныне – "Единая Россия"). В заксобрании был членом партийной фракции, а также комитета по бюджету и налогам.
В 2005 г. избран председателем совета директоров ОАО "Вологодский станкостроительный завод".
В 2007-2008 гг. - секретарь политсовета Вологодского городского отделения партии "Единая Россия".
В 2007-2008 гг. - депутат Законодательного собрания Вологодской области. 11 марта 2007 г. вновь избран от "Единой России" по Центральному избирательному округу №1. Получил 31,25% голосов избирателей. Входил в состав партийной фракции, был членом комитета заксобрания по государственно-правовой деятельности, законности и правам человека, с сентября 2007 г. - заместитель председателя комитета по бюджету и налогам. Депутатские полномочия Евгения Шулепова были досрочно прекращены 23 октября 2008 г. в связи с избранием на должность главы административного центра области.
В 2008-2016 гг. – мэр Вологды. Первый раз избран 12 октября 2008 г., выдвигался от "Единой России". Набрал 56,12%, его ближайший соперник - кандидат КПРФ Сергей Потапов - 21,61%. Переизбран 8 сентября 2013 г., получил 48,28%. Второе место занял представитель партии "Гражданская платформа" Александр Лукичев (23,44%).
4 декабря 2011 г. был избран депутатом Законодательного собрания Вологодской области по списку партии "Единая Россия", занимал четвертое место в центральной части списка. После выборов отказался от мандата.
В 2016-2021 гг. - депутат Государственной думы РФ VII созыва. 18 сентября 2016 г. избран от "Единой России" по Вологодскому одномандатному избирательному округ №85. Получил 32,33% голосов избирателей, его ближайший соперник – кандидат от ЛДПР Антон Гримов – 16,54%. В Думе вошел в фракцию "Единая Россия".
Отмечен благодарностью президента РФ (2013).
Мастер спорта по биатлону (1981).