Родился 19 июня 1971 г. в с. Красном Костромской области.
В 1993 г. с отличием окончил факультет "Плодоовощеводство и виноградарство" Сельскохозяйственной академии им. К. А. Тимирязева по специальности "ученый агроном" (ныне - Российский государственный аграрный университет - МСХА им. К. А. Тимирязева). В 1996 г. обучался на курсах агробизнеса в США, в 1999 г. - в Финляндии.
Кандидат сельскохозяйственных наук. В 2000 г. во Всероссийском научно-исследовательском институте овощеводства защитил диссертацию на тему "Биологические особенности детерминантных гибридов томата и способы их формирования".
В 1988 г. работал трактористом в совхозе "Высоковский", который возглавлял его отец.
В 1993-1995 гг. - заведующий агрохимической лабораторией совхоза "Высоковский", в 1995-1998 гг. - главный агроном совхоза, в 1998-2002 гг. - заместитель директора по производству с исполнением обязанностей главного агронома.
В 2002 г. назначен директором государственного унитарного сельхозпредприятия "Высоковский". С 2012 по 2016 гг. - генеральный директор ООО "Тепличный комбинат "Высоковский".
В 2004-2016 гг. - депутат Костромской областной думы III, IV, V и VI созывов от партии "Единая Россия" (полномочия исполнял на непостоянной основе). С 2010 г. - заместитель председателя областной думы, с 2015 г. - первый заместитель председателя.
С 2005 г. - профессор кафедры биологии и физиологии растений Костромской государственной сельскохозяйственной академии.
В 2016 г. – депутат Государственной думы РФ VI созыва. В 2011 г. баллотировался в Госдуму РФ VI созыва по списку партии "Единая Россия" (третий номер в региональной группе №46, Костромская область), но по итогам распределения мест в Думе не прошел. 6 апреля 2016 г. получил вакантный мандат депутата Госдумы VI созыва Валерия Гальченко, избранного членом ЦИК России. В нижней палате парламента Алексей Ситников вошел в комитет по экономической политике, инновационному развитию и предпринимательству, фракцию "Единой России".
В 2016-2021 гг. – депутат Государственной думы РФ VII созыва. 18 сентября 2016 г. был избран депутатом Госдумы от "Единой России" по Костромскому одномандатному избирательному округу №107 (Костромская область). Получил 38,12% голосов, его ближайший соперник от КПРФ Валерий Ижицкий – 24,43%.
С 2021 г. - депутат Государственной думы РФ VIII созыва от "Единой России". Был избран 19 сентября 2021 г. по Костромскому одномандатному избирательному округу №107 (Костромская обл.). Набрал 36.91% голосов (второе место в округе занял первый секретарь Костромского отделения КПРФ Валерий Ижицкий, 29,04%). С 12 октября 2021 г. - заместитель председателя комитета Госдумы РФ по защите конкуренции.
Первый вице-президент футбольного клуба "Спартак" (Кострома).
Член Всероссийской политической партии "Единая Россия", член политсовета Костромского регионального отделения партии.
Награжден общественными и церковными наградами, в том числе медалью Русской православной церкви Благоверного князя Даниила Московского III степени (2002).