Родился 9 сентября 1953 г. в гор. Чуст Наманганской обл. Узбекской ССР (ныне Узбекистан) в семье работника прокуратуры. Детство провел в Ташкенте. Увлекался спортом, занимался в секции фехтования. Входил в юношескую сборную Узбекской ССР по этому виду спорта.
В 1976 г. окончил Московский государственный институт международных отношений (МГИМО) МИД СССР, в 1997 г. - Финансовую академию (ныне - университет) при правительстве РФ.
После окончания МГИМО Усманов вернулся в Узбекистан, где стал старшим референтом Центрального комитета Ленинского коммунистического союза молодежи Узбекской ССР. В 1980 г. вместе с двумя друзьями - сыном заместителя председателя республиканского КГБ Бахадыром Насымовым и сыном министра сельского хозяйства УзССР Ильхамом Шайковым - был осужден на восемь лет лишения свободы за мошенничество и хищения. В 1986 г. освобожден досрочно. Сам Усманов заявлял, что вместе с друзьями стал жертвой внутреннего конфликта в руководстве УзССР. В 2000 г. Верховный суд Узбекистана признал уголовное дело против него сфабрикованным.
После условно-досрочного освобождения из исправительно-трудовой колонии подрабатывал переводами с арабского, затем работал патентоведом в лаборатории Института физики Академии наук СССР в г. Андижане (УзССР). Позднее, благодаря связям с соучениками по МГИМО, переехал в Москву, где начал работать во Внешнеэкономической ассоциации Советского комитета защиты мира.
В конце 1987 г. создал в г. Раменское Московской областикооператив "Агропласт" по производству полиэтиленовых пакетов. В 1989 г., после появления компаний-конкурентов, Усманов отказался от этого бизнеса и до 1993 г. занимался импортом сигарет. В интервью газете "Ведомости" в 2003 г. он заявлял, что прекратил торговлю табаком "из идеологических соображений", решив, что больше не может продавать то, что "несет угрозу для здоровья людей". Однако в 2012 г. русская версия журнала Forbes писала, что его бизнес разорился из-за девальвации рубля.
Параллельно, в начале 1990-х гг., стал заместителем президента, а затем - президентом компании "Интеркросс", специализировавшейся на производстве телекоммуникационного оборудования.
В 1993 г. баллотировался в Государственную думу РФ I созыва от блока "Гражданский союз во имя стабильности, справедливости и порядка" (лидер - президент Российского союза промышленников и предпринимателей Аркадий Вольский). Усманов был предпоследним, 183-м, в федеральном списке, единственным в региональной группе Ханты-Мансиского автономного округа. Партия по итогам выборов не преодолела 5-процентныйизбирательный барьер.
В 1992 г. Алишер Усманов стал одним из основателей "Первого русского независимого банка" (лицензия отозвана в 1996 г.), который, в свою очередь, в 1993 г. являлся одним из учредителей МАПО-Банка при Московском авиационном производственном объединении. Усманов в 1994-1995 гг. был заместителем директора банка - Евгения Ананьева (в 1997-1998 гг. - глава Государственной компании по экспорту и импорту вооружений и военной техники "Росвооружение").
В январе 1995 г. Усманов вместе с бизнесменами Андреем Скочем и Львом Кветным основали компанию "Интерфинсервис" (или "Интерфин"), которая занималась скупкой металлургических активов. В частности, через нее были приобретены доли в Оскольском электро-металлургическом комбинате (ОЭМК) и Лебединском горно-обогатительном комбинате.
В 1997 г., после того как Усманов смог урегулировать задолженность ОЭМК и Лебединского ГОКа перед РАО (ныне - ПАО) "Газпром", председатель правления газовой корпорации Рэм Вяхирев пригласил его на пост заместителя генерального директора дочерней компании, "Газпроминвестхолдинга". В феврале 2000 г. Усманов был назначен генеральным директором этой компании. По данным СМИ, во главе "Газпроминвестхолдинга", Усманов занимался вопросами "плохих долгов" - в частности, урегулированием задолженности стран СНГ перед "Газпромом". После смены руководства "Газпрома" в 2001 г. занялся возвращением газпромовских активов, утраченных в 1990-х гг., в т. ч. "Стройтрансгаза", Южно-Русского месторождения и др. Усманов работал руководителем "Газпроминвестхолдинга" вплоть до октября 2014 г.
Параллельно с работой в дочерней структуре "Газпрома" в начале 2000-х гг. Усманов начал консолидировать металлургические активы. В 1999 г. Скоч, Усманов и Кветной передали акции Лебединского ГОКа и ОЭМК в ЗАО "Газметалл". В начале 2000-х гг. в состав этой компании вошла "Уральская сталь". В 2004 г. они приобрели у Бидзины Иванишвили (впоследствии - премьер-министра Грузии) холдинг "Металлоинвест" (он владел Стойленским и Михайловским ГОКами, "Тулачерметом" и др.). В 2008 г. Скоч и Усманов выкупили долю Кветного в общем бизнесе. В 2008 г. ЗАО "Газметалл" был переименован в ЗАО "Холдинговая компания "Металлоинвест".
В 2006 г. Усманов приобрел издательский дом "Коммерсант". В 2008 г. приобрел 31,1% акций сотового оператора "МегаФон". Впоследствии Усманов довел долю в "МегаФоне" до 100%.
В 2010 г. на базе российских цифровых активов, долями в которых владел Усманов, был создан холдинг Mail.ru Group (с 2021 - VK Group).
В 2007-2018 гг. предприниматель являлся совладельцем лондонского футбольного клуба "Арсенал". Поддерживает футбольный клуб "Эвертон" (Ливерпуль).
В 2012 г. Алишер Усманов зарегистрировал на Кипре компанию USM Holdings ("Ю-эс-эм холдингз"), куда включил ряд своихтелекоммуникационных активов, в том числе Mail.ru Group и "Мегафон". С 2018 г. перевел активы USM в Россию. По состоянию на 2021 г. в USM Усманов владеет 49% акций холдинга, другие акционеры - Владимир и Варвара Скочи, британско-иранский бизнесмен Фархад Мошири и генеральный директор USM Иван Стрешинский. В декабре 2021 г. холдинг USM продал свой пакет VK Group "Согазу".
С 2001 по 2009 гг. - президент Федерации фехтования России. С 2005 по 2009 гг. – президент Европейской конфедерации фехтования. В 2008 г. избран президентом Международной федерации фехтования (FIE). 1 марта 2022 г. было объявлено о приостановке исполнения обязанностей Алишера Усманова на этом посту. 30 ноября 2024 г. снова был избран на пост президента FIE.
В 2014-2015 гг. предоставил Российскому футбольному союзу кредиты на общую сумму более 1 млрд руб. для погашения долга перед главным тренером Фабио Капелло и для подготовки к чемпионату мира.
Известен благотворительной деятельностью. В 2006 г. стал учредителем благотворительного фонда "Искусство, наука, спорт", одним и направлений деятельности которого также является поддержка людей с нарушением зрения.
В 2007 г. выкупил с аукциона "Сотбис" за 111,75 млн долларов США коллекцию искусства и инструментов Мстислава Ростроповича и Галины Вишневской, передав ее в дар российскому государству. В 2013 г. приобрел для ГМИИ им. А. С. Пушкина картину "Святой Марк" Франса Хальса, которая была утеряна во время Крымской войны 1853-1856 гг. В том же году выкупил у американцев и передал детскому государственному телеканалу "Бибигон" утраченные после распада СССР права на классические советские мультфильмы.
С 2005 г. Алишер Усманов входит в рейтинг миллиардеров мира по версии американского журнала Forbes. В 2012-2014 гг. журнал признавал его богатейшим человеком в России. В рейтинге, опубликованном в апреле 2021 г. Усманов занимает 99-е место в мире и 7-е - в России с состоянием 18,4 млрд долларов США.
Награжден орденами Почета (2004) и "За заслуги перед Отечеством" III (2018) и IV (2013) степеней, знаком отличия "За благодеяние" (2016). Отмечен Почетной грамотой (2008) и двумя благодарностями президента РФ (2008, 2009).
Также имеет ордена "За заслуги перед Итальянской Республикой" (2017), "Эл-юрт ҳурмати" ("Уважаемому народом и Родиной", 2018, Узбекистан), "Достык" ("Дружбы", 2018, Казахстан).
Отмечен медалью Русского географического общества (2019).