Родился 15 сентября 1941 г. в пос. Арбат Кушвинского района Свердловской области, где его родители находились в эвакуации. После окончания войны семья вернулась на родину в г. Мончегорск Мурманской области. Отец – Алексей Андреевич, работал проходчиком на руднике. Мать – Анастасия Александровна, была уборщицей, а затем домохозяйкой. В семье было четверо детей: три сына и дочь.
В 1965 г. Виктор Зубков окончил экономический факультет Ленинградского сельскохозяйственного института (ныне Санкт-Петербургский государственный аграрный университет).
Доктор экономических наук. В 2000 г. в Санкт-Петербургском государственном горном институте им. Г. В. Плеханова защитил диссертацию кандидата экономических наук на тему "Совершенствование налогового механизма минерально-сырьевого комплекса (на примере Ленинградской области)". В 2010 г. в Российской академии государственной службы при президенте РФ (ныне Российская академия народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ) - докторскую диссертацию по теме "Формирование и развитие системы финансового мониторинга в Российской Федерации".
В 1958–1960 гг. работал в г. Мончегорске слесарем на ремонтно-механическом заводе, затем на руднике комбината "Североникель".
В 1965-1967 гг. проходил срочную службу в Вооруженных силах СССР.
Был членом Коммунистической партии Советского Союза с 1967 по 1991 г.
С 1967 по 1985 г. занимал различные руководящие должности в совхозах и агропромышленных предприятиях Ленинградской области. В 1967-1970 гг. - управляющий отделением совхоза "Красная славянка" Гатчинского района, в 1970-1982 гг. - директор совхоза "Раздолье", в 1982-1985 гг. - генеральный директор объединения совхозов "Первомайское" Приозерского района Ленобласти.
С 1985 по 1991 г. работал в советских и партийных органах Ленинградской области. В 1985–1986 гг. был председателем Приозерского горисполкома. В 1986-1989 гг. – первый секретарь Приозерского горкома КПСС, затем заведующий отделом сельского хозяйства и пищевой промышленности Ленинградского обкома КПСС. В 1989-1991 гг. занимал должность первого заместителя председателя Леноблисполкома Юрия Ярова.
C января 1992 г. по ноябрь 1993 г. работал заместителем председателя Комитета по внешним связям мэрии Санкт-Петербурга, которым руководил в этот период будущий президент РФ Владимир Путин.
В 1993–1999 гг. занимал должность заместителя руководителя Государственной налоговой службы РФ и одновременно начальника Государственной налоговой инспекции по г. Санкт-Петербургу. В этот период службу последовательно возглавляли Владимир Гусев, Виталий Артюхов, Александр Починок, Борис Федоров и Георгий Боос.
С 1995 г. Виктор Зубков был членом проправительственного общественно-политического движения "Наш дом - Россия".
С июля 1999 г. по ноябрь 2001 г. - заместитель министра РФ по налогам и сборам (пост министра в этот период последовательно занимали Георгий Боос, Александр Починок и Геннадий Букаев), одновременно руководил управлением Министерства по налогам и сборам по г. Санкт-Петербургу.
19 сентября 1999 г. Виктор Зубков баллотировался на пост губернатора Ленинградской области на досрочных выборах главы региона. По итогам голосования занял четвертое место из 16 кандидатов с результатом 8,64% голосов избирателей. Победу на выборах одержал и. о. губернатора Валерий Сердюков (30,30%).
В 2000 г. Виктор Зубков занимал пост руководителя петербургского объединения партии "Единство" (с 2003 г. - "Единая Россия").
С 5 ноября 2001 г. по 16 марта 2004 г. – первый заместитель министра финансов РФ Алексея Кудрина и одновременно глава Комитета по финансовому мониторингу Министерства финансов РФ. Был первым главой российской финансовой разведки, при его участии Россия в 2003 г. стала членом FATF (Международная группа по борьбе с финансовыми преступлениями).
С 16 марта 2004 г. по 14 сентября 2007 г. - руководитель Федеральной службы по финансовому мониторингу (Росфинмониторинг) подведомственной Минфину РФ.
С 14 сентября 2007 г. по 7 мая 2008 г. занимал пост председателя правительства РФ (сменил на этом посту Михаила Фрадкова). 14 сентября Государственная дума РФ проголосовала за назначение Виктора Зубкова премьер-министром (381 голос "за", 47 - "против", 8 – "воздержались"). Во главе кабинета он находился 236 дней.
С 4 октября 2007 г. по 25 мая 2008 г. являлся постоянным членом Совета Безопасности РФ.
С 15 октября 2007 г. по 27 мая 2008 г. был председателем совета министров Союзного государства России и Белоруссии.
После вступления в должность нового президента РФ Дмитрия Медведева 7 мая 2008 г. правительство Зубкова, согласно Конституции РФ, ушло в отставку. С 7 по 8 мая 2008 г. до назначения нового председателя правительства РФ Виктор Зубков исполнял обязанности главы кабинета.
С 12 мая 2008 г. по 7 мая 2012 г. – первый заместитель председателя правительства РФ Владимира Путина. Курировал сферы сельского хозяйства, рыболовства, лесного и агропромышленного комплекса, а также таможенно-тарифную политику. С 7 по 8 мая 2012 г. временно исполнял обязанности премьер-министра.
27 июня 2008 г. Виктор Зубков был избран председателем совета директоров открытого акционерного общества (с 2015 г. – публичное акционерное общество) "Газпром". Занимает этот пост до настоящего времени.
С 30 мая 2012 г. по настоящее время - специальный представитель президента РФ по взаимодействию с Форумом стран – экспортеров газа.
Член совета директоров Азиатского форума в Боао с 2018 г.
Действительный государственный советник I класса (2003).
Награжден орденами Знак Почета (1975), Трудового Красного Знамени (1981), "За заслуги перед Отечеством" I (2012), II (2008), III (2006) и IV (2000) степеней. Отмечен Почетной грамотой правительства РФ (1998).
Заслуженный экономист РФ (2001).
Заслуженный работник нефтяной и газовой промышленности РФ (2021).
Лауреат Международной премии Андрея Первозванного (2011).
Соавтор книги "Российская Федерация в международной системе противодействия легализации (отмыванию) преступных доходов и финансированию терроризма" (2006).
Женат, есть дочь.