Африканская чума свиней - вирусное заболевание, безопасное для человека, но приводящее к смертности до 100% поголовья заболевших животных. Имеет высокий риск заражения. Из-за обнаружения вируса африканской чумы с 2010 г. в Россию запрещен ввоз свинины и живых свиней из Сардинии (Италия), в 2013-2014 гг. запрещался ввоз свиноводческой продукции из Белоруссии, в 2014 г. - из Украины и Литвы. Также в первой половине 2000-х гг. вводились запреты на ввоз свинины из-за эпидемий классической чумы свиней, для профилактики которой, в отличие от африканской, существует вакцина.
Бензопирен - химическое вещество первого класса опасности, один из наиболее распространенных канцерогенов, который образуется при сгорании жидкого и твердого топлива. Из-за повышенного содержания бензопирена в шоколаде в июле 2013 г. были запрещены поставки в Россию продукции украинских фабрик компании Roshen (также в ней были выявлены нарушения по нормативам содержания жиров и качеству). Претензии по содержанию бензопирена предъявлялись и к латвийским шпротам.
Восточная плодожорка (Grapholitha molesta) - бабочки размером до 15 мм, питающиеся плодами персиков, айвы и других фруктов. Могут уничтожать до 100% урожая. В июле 2014 г. из-за этих вредителей был запрещен ввоз некоторых фруктов и овощей из Польши.
Западный цветочный (Калифорнийский) цветной трипс (Frankliniella occidentalis) - небольшие насекомые, живущие в закрытом грунте. Питаются клеточным соком, нектаром и пыльцой растений, препятствуя формированию полноценных цветков. Впервые зарегистрирован в России в 1990-х гг. после начала импорта цветов из Западной Европы. 28 июня 2004 г. Россельхознадзор запретил ввоз из Нидерландов цветов, а с 3 декабря 2004 г. - всей растениеводческой продукции. Запрет был снят 3 марта 2004 г., однако партии цветов, зараженные вредителем, обнаруживались и в 2013 г. В июле 2014 г. из-за трипса был запрещен ввоз некоторых фруктов и овощей из Польши.
Золотая картофельная нематода (Globodera rostochiensis) - вредитель, поражающий корни картофеля и томатов, способен приводить к потерям до 80% урожаев. В 2014 г. из-за обнаружения этих червей в партии картофеля из Украины, в России был введен запрет на поставку этой продукции.
Коровье бешенство - опасная для человека болезнь, вызываемая особыми болезнетворными агентами - прионами. Может приводить к необратимым поражениям головного мозга у человека, употребившего зараженное мясо в пищу. Из-за обнаружения коровьего бешенства вводились временные ограничения на ввоз скота и продуктов животноводства из Италии (1996 г., некоторые из запретов действуют до сих пор), Бельгии, Великобритании и Германии (2001), Нидерландов (2003), США (2004), Швеции (2006), Румынии (2010, 2014) и других стран.
Меламин - используемое в промышленности химическое вещество. Теоретически является безвредным для человеческого организма, однако в 2008 г. в Китае возник скандал, когда выяснилось, что из-за добавления меламина в молочные продукты у нескольких десятков детей появились камни в почках. После этого Россия, как и многие другие страны, запретили импорт молока и молочной продукции из КНР.
Пестициды - химические вещества, используемые для борьбы с вредителями. Они могут накапливаться в организме человека, приводить к раку, аллергии и другим тяжелым заболеваниям. Из-за содержания пестицидов (в том числе гексахлоран, ДДТ) в винодельческой продукции в 2006 г. были запрещены поставки вин из Грузии и Молдавии (впоследствии запрет был частично отменен).
Птичий грипп - острое инфекционное вирусное заболевание, первоначально выявленное у птиц. Вирусы гриппа могут эволюционировать и передаваться человеку, для новых штаммов очень сложно найти вакцину или эффективный способ лечения. Из-за обнаружения вирусов птичьего гриппа различных штаммов вводились полные или частичные запреты на ввоз птицеводческой продукции из Китая (с 2004 г., запрет действует до сих пор), Таиланда (действовал в 2004-2009 гг.), Филиппин (2005), Германии и Канады (с 2007 г.), Италии (2007-2010), Турции (с 2010 г.), США (2011) и других стран.
Сальмонелла (Salmonella) - род бактерий, вызывающий острую кишечную инфекцию, сальмонеллез. Из-за обнаружения сальмонеллы в 2002 г. на месяц вводился запрет на импорт куриных окорочков ("ножек Буша") из США. В январе 2012 г. Роспотребнадзор приостановил реализацию детской сухой адаптированной молочной смеси из Бельгии.
Тренболон - химическое вещество, стимулятор роста мышечной ткани, часто используется в ветеринарии, небезопасен для человека. Из-за его обнаружения в марте-апреле 2014 г. был запрещен импорт австралийской охлажденной и замороженной говядины.
Ящур - острое вирусное заболевание парнокопытных животных, представляет опасность для человека. Из-за вспышек ящура Россия частично или полностью запрещала импорт животноводческой продукции из Японии и Венгрии (2000), Франции (2001), Армении и Израиля (2004), Китая, Монголии и Молдавии (2005), Аргентины (2006), Казахстана, Великобритании (2007) и др. стран.
Участившиеся случаи поставки фальсифицированной продукции и несоответствие стандартам привели к запрету в 2006 г. ввоза в Россию грузинской минеральной воды "Боржоми" (запрет снят в 2013 г.). По данным Роспотребнадзора, более 56 проверенных партий напитка не соответствовали требованиям "по органолептическим показателям, ионному составу, требованиям безопасности (перманганатная окисляемость, содержание фтора)".
Запрет на поставки молока и молочной продукции из Украины в конце июля 2014 г. был введен после того, как в нем обнаружили пальмовые жиры неизвестного происхождения, антибиотики тетрациклиновой группы, соли тяжелых металлов и различные патогенные микроорганизмы. Ранее, в 2013 г. были приостановлены поставки в России творога и сыров из Литвы из-за обнаружения в них кишечной палочки или несоответствия заявленному содержанию молочнокислых организмов.