7 сентября 2003 г. состоялись очередные выборы губернатора Омской области. Срок полномочий главы региона составлял пять лет. На этот пост баллотировались пять кандидатов. Губернатором был избран действующий глава региона Леонид Полежаев, занимающий эту должность с 1991 г. За него отдали голоса 55,96% избирателей. Второе место занял депутат Государственной думы Федерального собрания РФ Леонид Маевский, получив 27,93% голосов. Против всех проголосовали 8,79%, явка избирателей на выборах составила 44,98 %.
11 декабря 2004 г. президент РФ Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому в России начал действовать новый порядок избрания губернаторов: главу региона по представлению президента утверждал местный законодательный орган. 24 мая 2007 г. депутаты Законодательного собрания Омской области наделили Леонида Полежаева полномочиями губернатора региона по представлению президента РФ Владимира Путина (сроком на пять лет). 30 мая того же года он официально вступил в должность.
3 апреля 2012 г. президент РФ Дмитрий Медведев внес в парламент Омской области кандидатуру депутата областного Законодательного собрания Виктора Назарова для наделения полномочиями главы региона. 9 апреля того же года региональный парламент утвердил его в должности губернатора Омской области. 30 мая состоялась церемония инаугурации.
1 июня 2012 г. вступил в силу федеральный закон, возвращающий в РФ прямые выборы глав регионов.
14 мая 2015 г. президент РФ Владимир Путин принял досрочную отставку Виктора Назарова по собственному желанию и назначил его временно исполняющим обязанности губернатора Омской области.
В единый день голосования 13 сентября 2015 г. в Омской области пройдут досрочные выборы губернатора. Он избирается сроком на пять лет и не может замещать указанную должность более двух сроков подряд. Кандидаты выдвигаются политическими партиями или их региональными отделениями, самовыдвижение не предусмотрено. Для регистрации претенденту на пост руководителя региона необходимо преодолеть так называемый "муниципальный фильтр" - собрать в свою поддержку не менее 5% подписей муниципальных глав и депутатов.