Согласно Уставу Забайкальского края, высшим должностным лицом и руководителем правительства региона является губернатор, срок полномочий которого составляет 5 лет.
Забайкальский край как субъект РФ был образован 1 марта 2008 года путем объединения Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа.
Главой администрации Читинской области был назначен 30 ноября 1991 года Борис Иванов. 22 января 1996 года он был освобожден от занимаемой должности по собственному желанию. 1 февраля 1996 года указом президента РФ главой администрации Читинской области назначен Равиль Гениатулин.
Первые выборы главы администрации в Читинской области прошли 27 октября 1996 года. В соответствии с законом о выборах, глава региона избирался сроком на 4 года. Избранным считался кандидат, получивший не менее 25 процентов голосов избирателей. В выборах приняли участие пять кандидатов. Победу одержал действующий глава администрации Равиль Гениатулин (30,76 процента). Против всех проголосовали 5,80 процента, явка избирателей составила 46,17 процента при необходимых 25.
На выборах 29 октября 2000 года действующий глава администрации Равиль Гениатулин вновь получил наибольшее количество голосов избирателей - 57,02 процента. Против всех проголосовали 5,59 процента, пришедших на избирательные участки. Явка избирателей составила 50,29 процента.
Очередные выборы главы администрации области состоялись 14 марта 2004 года. В соответствии с Избирательным кодексом Читинской области, порог явки избирателей должен был составить не менее 25 процентов, для победы на выборах одному из претендентов было необходимо набрать более 50 процентов голосов избирателей, принявших участие в голосовании. Действующий глава администрации Равиль Гениатулин был избран на третий срок, получив 68,18 процента голосов. Против всех проголосовали 9,53 процента избирателей, явка составила 55,65 процента. Третий срок Гениатулина стал возможен после того, как в июле 2002 года Конституционный суд России подтвердил право ряда глав субъектов РФ избираться на третий срок подряд. Отсчет срока пребывания в должности губернаторов стал вестись с октября 1999 года - с момента вступления в силу закона "Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов РФ".
Первым главой администрации Агинского Бурятского автономного округа 26 декабря 1991 года указом президента РФ был назначен Гуродарм Цэдашиев. 13 января 1996 года президент освободил его от занимаемой должности и назначил главой администрации Болота Аюшиева.
Первые выборы главы администрации Агинского Бурятского автономного округа состоялись 27 октября 1996 года. В соответствии с законом о выборах региона, глава администрации округа избирался на 4 года.
В выборах приняли участие действующий губернатор Болот Аюшиев (46,71 процента) и председатель общественно- политического движения "За единство и развитие" Юрий Дондоков (46,16 процента). Против всех проголосовали 4,02 процента избирателей. Выборы были признаны несостоявшимися, так как ни один кандидат не набрал более 50 процентов голосов. Явка избирателей составила 60,46 процента при необходимых 25.
В феврале 1997 года Болот Аюшиев был освобожден от должности главы администрации за две недели до повторных выборов.
23 февраля 1997 года в повторных выборах главы администрации Агинского Бурятского АО участвовали 5 кандидатов. Победу одержал депутат Государственной Думы РФ Баир Жамсуев (44,56 процента), против всех проголосовали 1,19 процента. Явка избирателей составила 54,83 процента.
На выборах 29 октября 2000 года вновь победил Баир Жамсуев (89,34 процента). Против всех проголосовали 4,03 процента избирателей, явка - 65,12 процента. Избранным считался кандидат, получивший наибольшее число голосов избирателей по отношению к другим кандидатам. Срок полномочий главы администрации был увеличен до 5 лет.
В декабре 2004 года вступил в силу новый порядок избрания губернаторов. 15 сентября 2005 года Агинская Бурятская окружная Дума утвердила Баира Жамсуева главой администрации округа по представлению президента России. Полномочия Жамсуева были прекращены после объединения Агинского Бурятского АО и Читинской области в Забайкальский край.
В январе 2008 года президент России Владимир Путин внес на рассмотрение Читинской областной и Агинской Бурятской окружной дум кандидатуру Равиля Гениатулина для наделения полномочиями первого губернатора Забайкальского края. 5 февраля 2008 года кандидатура Гениатулина была утверждена парламентами регионов.
1 марта 2008 года Читинская область и Агинский Бурятский автономный округ объединились в Забайкальский край, Равиль Гениатулин вступил в должность губернатора края сроком на 5 лет. В феврале 2013 года срок его губернаторских полномочий истек. 28 февраля президент России Владимир Путин назначил временно исполняющим обязанности губернатора края Константина Ильковского (Справедливая Россия) до вступления в должность лица, избранного губернатором.
Согласно краевому закону о выборах губернатора Забайкальского края, кандидаты выдвигаются только политическими партиями, имеющими в соответствии с федеральными законами право участвовать в выборах. При этом кандидатам не обязательно состоять членом какой-либо партии. Самовыдвижение кандидатов невозможно. Избранным считается кандидат, получивший более 50 процентов голосов избирателей.
Для регистрации кандидат должен преодолеть так называемый муниципальный фильтр: собрать в свою пользу не менее 8 процентов подписей депутатов и глав муниципальных образований.
8 сентября 2013 года, в единый день голосования, бороться за пост губернатора Забайкальского края будут четыре кандидата. Кандидатом от Справедливой России стал врио главы региона Константин Ильковский, помимо справороссов, его поддержали региональные отделения "Единой России", Российской экологической партии "Зеленые" и Партии пенсионеров России. От ЛДПР выдвинут координатор регионального отделения ЛДПР, экс-депутат Госдумы Василина Кулиева. От КПРФ - Николай Мерзликин, от партии "Гражданская сила" - предприниматель Руслан Балагур.