Согласно ст. 98 конституции РФ, а также ст. 19 федерального закона "О статусе члена Совета Федерации и статусе депутата Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации" 8 мая 1994 г., депутаты Госдумы и члены Совета федерации обладают неприкосновенностью в течение всего срока их полномочий. Они не могут быть привлечены к уголовной или административной ответственности, задержаны или арестованы, подвергнуты обыску и личному досмотру (кроме случаев задержания на месте преступления).
Неприкосновенность распространяется на занимаемые парламентариями жилые и служебные помещения, личные и служебные транспортные средства, средства связи, принадлежащие им документы, багаж, на их переписку. Вопрос о лишении неприкосновенности решается по представлению генерального прокурора РФ соответствующей палатой Федерального собрания.
В случае возбуждения в отношении депутатов уголовного дела или дела об административном правонарушении, которое влечет административную ответственность, налагаемую в судебном порядке, орган дознания или следователь в трехдневный срок сообщает об этом генпрокурору РФ. Генеральный прокурор в недельный срок обязан внести в соответствующую палату парламента представление о лишении члена Совета Федерации или депутата Госдумы неприкосновенности. Без согласия палаты дело не может быть передано в суд. Парламентарии не могут быть привлечены к уголовной или административной ответственности за высказывание своего мнения или выражение позиции при голосовании за тот или иной документ в соответствующей палате Федерального собрания и другие действия, соответствующие статусу члена Совета Федерации и статусу депутата, в том числе по истечении срока полномочий. Это не касается случаев, когда такие действия связаны с публичным оскорблением или клеветой, что влечет за собой административную ответственность.
Если палата отказывается дать согласие на лишение парламентариев неприкосновенности, уголовное дело прекращается. Возобновить его можно лишь при наличии вновь открывшихся обстоятельств. Статус депутата можно потерять только на основании вступившего в силу приговора суда и по решению Госдумы.
За время своей работы Государственная дума лишила неприкосновенности девять депутатов.
5 апреля 1995 г. Госдума первого созыва рассмотрела запрос генпрокурора РФ о лишении иммунитета независимого депутата Сергея Мавроди, в отношении которого было возбуждено уголовное дело в связи с финансовыми махинациями в компании МММ. Парламентарии высказались за лишение Мавроди неприкосновенности, но на повторном голосовании восстановили его иммунитет. Полгода спустя думская мандатная комиссия предложила прекратить полномочия Мавроди из-за "пренебрежения депутатскими обязанностями и занятия коммерческой деятельностью". 6 октября 1995 г. решением нижней палаты его полномочия были прекращены. В 1997 г. он был объявлен в общероссийский, а через год - в международный розыск. Задержан в январе 2003 г. 28 апреля 2007 г. приговорен Чертановским районным судом Москвы к 4 годам 6 месяцам заключения по обвинению в мошенничестве в крупных размерах. 22 мая того же года срок его наказания истек, большую его часть он отбыл в СИЗО.
18 сентября 1998 г. Госдума второго созыва лишила депутатской неприкосновенности независимого депутата Надиршаха Хачилаева. Соответствующий запрос направила в Думу Генпрокуратура РФ, обвинив депутата и его брата Магомеда в организации массовых беспорядков и вооруженном захвате Дома правительства в Махачкале в мае 1998 г. В октябре 1999 г. Хачилаев был арестован. 13 июня 2000 г. Верховный суд Дагестана вынес приговор: в связи с отказом прокурора от главного пункта обвинения (организация массовых беспорядков) Надиршах Хачилаев был признан виновным в незаконном хранении оружия. Его приговорили к полутора годам лишения свободы и освободили из-под стражи в связи с амнистией в честь 55-летия Победы. 11 августа 2003 г. Хачилаев был застрелен в Махачкале.
1 ноября 2001 г. решением Госдумы третьего созыва лишен депутатской неприкосновенности сопредседатель партии "Либеральная Россия", заместитель председателя думского комитета по бюджету Владимир Головлев (фракция "Союз правых сил"). Палата дала согласие генпрокурору на расследование уголовного дела в отношении депутата, но отказала в разрешении на его арест. 2 ноября генпрокуратура предъявила Головлеву обвинение по ст. 147 УК РФ ("мошенничество"), с него была взята подписка о невыезде. Депутат обвинялся в злоупотреблении служебным положением во время работы на посту председателя комитета по управлению госимуществом администрации Челябинской области в 1991-92 гг. и в хищении 22 млрд руб. при продаже пакета акций АО "Магнитогорский металлургический комбинат". 21 августа 2002 г. Головлев был застрелен в Москве. Дело в отношении него было закрыто.
3 ноября 2010 г. Госдума пятого созыва дала согласие генпрокурору РФ на лишение неприкосновенности депутата из фракции ЛДПР Ашота Егиазаряна. В отношении него возбуждены три уголовных дела в 2010 и 2012 гг. Он обвиняется в крупном мошенничестве (присвоение акций и наличных средств) на общую сумму свыше 7 млрд руб. 31 января 2011 г. Басманный суд столицы заочно выдал санкцию на арест Егиазаряна, который находится на территории США и объявлен в федеральный и международный розыск. 9 марта 2011 г. Госдума дала согласие на арест. В сентябре 2013 г. Минюст США отказал Генпрократуре РФ в его выдаче.
6 июля 2012 г. Госдума шестого созыва дала Генпрокурору РФ согласие на лишение неприкосновенности Владимира Бессонова (фракция КПРФ). Он обвинен в применении насилия по отношению к сотрудникам правоохранительных органов 2 декабря 2011 г. во время несанкционированного митинга в Ростове-на-Дону. 1 мая 2013 г. Следственный комитет РФ по Ростовской области предъявил депутату обвинение по ч. 2. ст. 318 УК РФ ("применение насилия в отношении представителя власти в связи с исполнением им своих должностных обязанностей"). Ему избрана мера пресечения в виде подписки о невыезде. Владимир Бессонов 8 ноября 2013 г. и 31 января 2014 г. пытался обжаловать решение о снятии иммунитета в Верховном суде, однако его обращение было отклонено. 28 января 2015 г. Госдума дала согласие на передачу уголовного дела в суд (за - 233, 157 против, 3 воздержались). Сам депутат заявил, что считает ситуацию "политическим заказом", и подчеркнул, что "не являлся организатором митинга".
13 февраля 2013 г. Госдума шестого созыва лишила Константина Ширшова (фракция КПРФ) парламентской неприкосновенности и согласилась на привлечение его к уголовной ответственности, удовлетворив запрос Генпрокурора РФ от 23 января. Следствие установило, что Ширшов вместе с соучастниками требовал от предпринимателя Александра Чернякова 7,5 млн евро за содействие в получении депутатского мандата. Сам депутат все обвинения отверг, однако 11 февраля добровольно согласился на отказ от иммунитета и подал соответствующее заявление на имя спикера Госдумы Сергея Нарышкина. 19 апреля главным следственным управлением Следственного комитета России ему предъявлено обвинение в покушении на мошенничество. 22 ноября 2013 г. Госдума поддержала представление Генпрокуратуры о передаче уголовного дела Ширшова в суд. 26 мая 2014 г. Мосгорсуд приговорил его к 5 годам колонии общего режима, он был взят под стражу в зале суда. Адвокаты осужденного подали апелляцию, однако она не рассмотрена на была. Таким образом, приговор еще не вступил в законную силу и Ширшов сохраняет статус депутата.
19 февраля 2013 г. Госдума дала согласие Генпрокуратуре на лишение неприкосновенности Олега Михеева ("Справедливая Россия") для возбуждения уголовного дела. Соответствующий запрос поступил в Думу 23 января. По версии следствия, Михеев был причастен к неправомерному завладению 14 объектами недвижимости Волгоградского моторостроительного завода на сумму свыше 500 млн руб. и покушении на хищение 2,1 млрд руб. у Промсвязьбанка. 7 марта Следственный комитет РФ возбудил против него уголовное дело по статьям "мошенничество" и "воспрепятствование правосудию". Михеев оспорил решение о снятии с него иммунитета в суде. 30 июля 2013 г. Верховный суд России отклонил апелляцию депутата, и в тот же день решение о лишении неприкосновенности вступило в законную силу. Олег Михеев заявил о своей невиновности в инкриминируемых ему преступлениях. По его словам, он передал в Генпрокуратуру РФ более 80 судебных решений, согласно которым его сделки являются действительными, и никаких претензий по ним нет. Что касается обвинения в восприпятствовании правосудию, то, по утверждению Михеева, это был депутатский запрос председателю Волгоградского облсуда Сергею Потапенко. В документе содержалась просьба "принять меры по пресечению нарушения прав граждан" со стороны зампреда облсуда Сергея Чаркина, "неоднократно вмешивавшегося в осуществление правосудия путем дачи указания судьям", в производстве которых находилось гражданское дело по иску матери Михеева к ОАО "Промсвязьбанк". Дело против депутата было закрыто 24 апреля 2014 г.
10 июня 2014 г. Госдума шестого созыва лишила неприкосновенности главу комитета по информполитике Алексея Митрофанова ("Справедливая Россия") и дала согласие Генпрокурору РФ на привлечение депутата в качестве обвиняемого по делу о мошенничестве в особо крупных размерах (ч. 3 ст. 30, ч. 4 ст. 159 УК РФ/) Соответствующее представление генпрокурора поступило в Госдуму 20 мая 2014 г. Следственный комитет РФ заявил, что располагает доказательствами причастности депутата к совершению мошенничества в составе организованной группы. Запрос связан с уголовным делом о вымогательстве в 2012 г. $200 тыс. у бывшего соучредителя компании "Арктур-Строй" Вячеслава Жарова за помощь в арбитражном разбирательстве. По данному делу в августе 2013 г. уже осуждены помощник Митрофанова Александр Деревщиков и судебный пристав Рашид Сутиев. Они приговорены к 2 и 3 годам лишения свободы соответственно.
4 июля 2014 г. лишен неприкосновенности депутат шестого созыва от фракции КПРФ Николай Паршин. Госдума дала согласие Генпрокурору РФ на привлечение депутата в качестве обвиняемого по делу о мошенничестве, совершенном группой лиц по предварительному сговору в особо крупных размерах (ч. 4 ст. 159 УК РФ). Соответствующее представление Генпрокурора поступило в Госдуму 1 июля. Николай Паршин попал под подозрение в связи с расследованием уголовного дела, возбужденного в отношении чиновников Волгоградской области - главы администрации Среднеахтубинского муниципального района Сергея Тихонова и начальника управления финансов администрации г. Волжского Андрея Уварова, а также депутата Волжской городской думы Сергея Чекункова. Они подозреваются в мошенничестве на 25 млн рублей.