26 марта 2000 г. в Ханты-Мансийском автономном округе прошли досрочные выборы губернатора. Срок полномочий главы региона составлял пять лет. На этот пост баллотировались четыре кандидата. Губернатором округа были избран действующий руководитель региона Александр Филипенко, занимавший эту должность с 1991 г. За него проголосовали 90,82% избирателей. Второе место занял временно неработающий Валерий Абрамов, получив 1,04%. Против всех проголосовали 5,94%, явка на выборах составила 67,96%.
11 декабря 2004 г. президент РФ Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому в России начал действовать новый порядок избрания губернаторов: руководителя региона по представлению президента утверждал местный законодательный орган. 24 февраля 2005 г. депутаты Думы Ханты-Мансийского автономного округа единогласно утвердили Александра Филипенко в должности главы региона по представлению президента РФ Владимира Путина сроком на пять лет.
15 февраля 2010 г. региональный парламент по представлению главы государства Дмитрия Медведева наделил полномочиями губернатора Ханты-Мансийского автономного округа депутата Государственной думы Федерального собрания РФ Наталью Комарову. 1 марта того же года она официально вступила в должность.
1 июня 2012 г. вступил в силу федеральный закон, возвращающий в РФ прямые выборы глав регионов. В 2013 г. субъекты РФ получили право заменять прямые выборы губернаторов процедурой избрания депутатами регионального парламента. 3 февраля 2015 г. в закон о выборах руководителей глав регионов были внесены изменения, предусматривающие возможность избрания руководителей автономных округов в составе областей местными парламентами по представлению главы государства.
19 ноября 2014 г. в устав Ханты-Мансийского автономного округа были внесены поправки, в соответствии с которыми губернатор региона избирается депутатами регионального парламента из числа трех кандидатур, предложенных президентом РФ.
27 февраля 2015 г., в связи с истечением срока полномочий на посту губернатора Ханты-Мансийского автономного округа - Югры, президент РФ Владимир Путин назначил Наталью Комарову временно исполняющей обязанности главы региона.
В единый день голосования 13 сентября 2015 г. депутаты Думы Ханты-Мансийского автономного округа будут выбирать губернатора региона. Он избирается сроком на пять лет и не может замещать указанную должность более двух сроков подряд.
22 августа 2015 г. президент РФ Владимир Путин внес на рассмотрение парламента региона для избрания на должность губернатора Ханты-Мансийского автономного округа три кандидатуры: врио губернатора региона Наталью Комарову, главу городского поселения Советский (ХМАО) Алексея Савинцева и депутата Госдумы РФ Михаила Сердюка.