Впервые вирус появился в 1976 году в Заире, в селении на берегу реки Эбола, откуда и получил свое название. Согласно статистике ВОЗ, самые смертельные вспышки лихорадки Эбола за последние 20 лет произошли в ДР Конго в 1995 году (254 погибших) и 2007 году (187 погибших). В Уганде в 2000 году болезнь унесла жизни 224 человек, в Республике Конго в 2003 году - 128 человек.
Последняя вспышка лихорадки началась в феврале 2014 года на западе Африки.