ТАСС-ДОСЬЕ.17 августа 2009 года на Саяно-Шушенской ГЭС произошла крупная техногенная катастрофа. Из-за разрушения гидроагрегата № 2 в машинный зал станции под большим напором стала поступать вода, затопившая зал и технические помещения под ним. Были повреждены все десять гидроагрегатов станции, из них три (№ 2, 7 и 9) полностью разрушены. Короткое замыкание в системах управления генераторов привело к полному прекращению работы ГЭС. В результате катастрофы погибли 75 человек, 13 пострадали. В Енисей попало до 50 тонн турбинного масла. Республиканское управление Росприроднадзора оценило экологический ущерб в 469,4 млн рублей. В августе 2012 года арбитражный суд Хакасии удовлетворил иск Росприроднадзора о взыскании с собственника ГЭС - ОАО "Русгидро" - 110,6 млн рублей.
В ходе расследования причин аварии комиссией Ростехнадзора и парламентской комиссией Госдумы непосредственной причиной разрушения гидроагрегата № 2 было названо усталостное разрушение шпилек крепления крышки турбины в результате вибрации, возникавшей при переходах режима мощности гидроагрегата через диапазон "запрещенной зоны" (результаты работы комиссий были опубликованы 3 октября и 21 декабря 2009 года соответственно). Было решено провести комплексную реконструкцию СШГЭС. Аварийно-спасательные работы завершились к 23 августа 2009 года, после чего началось восстановление станции.
На первом этапе (2010-2011 годы) были восстановлены наименее пострадавшие в аварии гидроагрегаты № 3, 4, 5, 6 и запущен новый гидроагрегат № 1 (в декабре 2011 года). В октябре 2011 года в постоянную эксплуатацию введен новый береговой обводной водосброс ГЭС, позволяющий осуществлять дополнительный пропуск воды до 4 тыс. куб. м (стоимость строительства - около 7 млрд рублей) и соответствующий современным международным требованиям по пропуску паводковых вод.
На втором этапе (2012-2013 годы) начали эксплуатироваться новые гидроагрегаты № 7, 8, 9 и 10, а также была произведена замена на новые ранее восстановленных агрегатов № 5 и 6.
На завершающем этапе в 2014 году включен в сеть обновленный агрегат №4 и обновлено оборудование на агрегате №3. Изготовление и монтаж новых гидроагрегатов для станции ведет ОАО "Силовые машины" (контракт на сумму 11,7 млрд рублей подписан с ОАО "РусГидро" 30 ноября 2009 года).
Работы по реконструкции станции завершились в ноябре 2014 года, станция достигла своей проектной мощности (6400 мегаватт). Окончание полной модернизации ГЭС запланировано на 2015 год. Срок службы новых гидроагрегатов увеличен до 40 лет. Открытые распределительные установки будут заменены на устройства закрытого типа для сокращения износа. У ГЭС появится комплексная автоматизированная система контроля состояния плотины. Также в 2009 году министерство энергетики РФ поручило в ходе плановых ремонтов заменить все крепления крышек турбин и установить регистрационные устройства ("черные ящики") на все российские ГЭС.
Осенью 2009 года "Ленгидропроект" оценил восстановление Саяно-Шушенской ГЭС в 32,8 млрд рублей. С учетом модернизации станции компания "РусГидро" внесла коррективы. В 2014 году общая стоимость восстановления и реконструкции ГЭС оценивается в 41 млрд рублей.
Сразу после аварии на ГЭС Следственным комитетом было начато расследование в рамках возбужденного уголовного дела по ст. 143 УК РФ ("Нарушение требований охраны труда"). Всего по делу были допрошены более 300 свидетелей и проведены 234 экспертизы. Потерпевшими признаны 162 человека. Следственные действия по делу об аварии на СШГЭС завершились в июне 2012 года.
По данным следствия, ряд работников ГЭС, отвечавшие за безопасную эксплуатацию гидротехнического оборудования, длительное время допускали работу гидроагрегата № 2, находящегося в неудовлетворительном вибрационном состоянии. Меры по устранению технической неисправности не принимались, в том числе и в ходе планового ремонта в январе-марте 2009 года.
Обвинение в "нарушении правил безопасности при ведении горных, строительных или иных работ, повлекшее по неосторожности смерть двух или более лиц" (ч. 3 ст. 216 УК РФ) было предъявлено семерым сотрудникам станции - бывшему директору филиала ОАО "РусГидро" - "Саяно-Шушенская ГЭС им. П.С. Непорожнего" Николаю Неволько, главному инженеру Андрею Митрофанову и его заместителям Евгению Шерварли, Геннадию Никитенко, а также работникам службы мониторинга оборудования ГЭС Александру Матвиенко, Владимиру Белобородову и Александру Клюкачу.
4 июня 2013 года уголовное дело было направлено в Саяногорской городской суд Республики Хакасия для рассмотрения. 15 июля 2013 года в суде состоялись предварительные слушания и 19 июля начался судебный процесс. 24 декабря 2014 года Николай Митрофанов и Николай Неволько были приговорены к шести годам колонии общего режима. Евгений Шерварли получил 5,5 года колонии, Геннадий Никитенко – 5 лет 9 месяцев. Александра Матвиенко и Александра Клюкача суд приговорил каждого к 4,5 года лишения свободы условно. Владимир Белобородов был амнистирован.