26 ноября 1994 г. на 12-й сессии Верховного Совета Абхазии депутаты приняли новую Конституцию, согласно которой Абхазия стала президентской республикой. На том же заседании депутаты избрали первого президента - Владислава Ардзинбу, занимавшего на тот момент пост председателя Верховного совета.
3 октября 1999 г. прошли первые всенародные выборы главы государства, на которых Владислав Ардзинба был переизбран президентом, набрав 98,9% избирателей. В 2004 г., в связи с тяжелой болезнью, он был вынужден оставить свой пост. Скончался 4 марта 2010 г.
Следующие президентские выборы состоялись 3 октября 2004 г. Тогда Центральная избирательная комиссия (ЦИК) Абхазии объявил победителем генерального директора компании "Черноморэнерго" Сергея Багапша. Его основной соперник, премьер-министр Абхазии Рауль Хаджимба, подал несколько исков о признании выборов недействительными. 29 октября Верховный Суд Абхазии признал выборы недействительными и обязал ЦИК провести новые. Сергей Багапш отказался принимать в них участие. Политический кризис в республике удалось разрешить в результате переговоров претендентов с участием представителей России. 5 декабря Сергей Багапш и Рауль Хаджимба подписали соглашение о мерах по достижению национального согласия, которое предусматривало проведение новых выборов. Сергей Багапш выставил свою кандидатуру на пост президента, а Рауль Хаджимба - на пост вице-президента Абхазии. 12 января 2005 г. Сергей Багапш был избран президентом Республики Абхазия (за него проголосовали 90,1% избирателей). 12 декабря 2009 г. переизбран на второй срок, получив 61,16% голосов. Занимал этот пост по май 2011 г. Сергей Багапш скончался 29 мая 2011 г.
26 сентября 2011 г. президентом Республики Абхазия был избран Александр Анкваб (набрал 54,9% голосов избирателей).
27 мая 2014 г. в Сухуме прошел многотысячный митинг абхазской оппозиции, требовавшей отставки президента. 29 мая парламент предложил Александру Анквабу добровольно сложить полномочия. 1 июня 2014 г. он подал в отставку, досрочные выборы главы государства были назначены на 24 августа текущего года.
С 31 мая 2014 года и.о. президента Республики Абхазия является Валерий Бганба.